Mechnanism of transcript elongation control by RfaH

许多基因的反应受到RNA P.o.ly_merastef完成聚合的能力的限制 一个主要的规则消失了，紧随其后的是一个重要的规则。 克服这一缺陷的expression.Severalaccessory_rotointactorsthatallow核糖核酸聚合酶 成为“精通延伸率的…” 是几种毒力和化肥的调节者，在那里它的基因表达增加 我们已经证明了RfaH与它的招募序列Ops结合，暴露在_e上 在延长过程中，RNA聚合酶的表面暂停在OPA位置。 通过提高延长率和抑制停顿来刺激操作员站点的流。 然而，RfaH仅适度地抑制了丝裂原的作用。他详细介绍了RfaH的作用机制，并对其进行了描述 “除了与其他反终结器不同的事实外，主要原因很模糊。” 例如_、N和LQ，它们对延伸率和终止率都有深刻的影响。 RFAH的模式和对伸长率的影响是独一无二的，因此对RFAH机制的认识将有所贡献 对于细菌和真核生物中转录长度调控的一般理解， 其中RfaH同源物意味着伸长控制并定位于活跃的转录位点。 在这项建议中，我们将使用生化、遗传学和生物物理学相结合的方法 解决RfaH作用的几个方面。本项目的第一个目标是研究c_Luci最新的血液分子机制 通过它的招聘地点的RFAH affectselongationthousandsofnucleotidesdownstream。中央 需要回答的机械问题是RfaH是伴随着伸长的RNA Polym.erase还是.itt一起旅行 引起RNA聚合酶的构象变化，这种变化可引起数千个核糖体的改变。 从复合体中分离出来的步骤是安全的。这个项目的第二个目标是确定乌尔维赛的流量 这一机制是通过发现RFAH是影响所有部位还是针对某一部位而定 这个项目的第三个目标是映射RFAH和RFAH之间的关系 转录延长复合体，因此在其结构的长文本中放置了Rt‘aH机制。 RfaH控制这些分子、细胞壁成分、抗菌药物、脓液的表达 透射性颗粒的扩张所需的因子和蛋白质。因此，拟议的研究将 在细菌学和进化的几个领域的研究中产生了积极的影响，例如合成 细胞质外组分、细菌感染、侧体转移和病原体的出现。

ressionof many genes islimitedby theabilitoyf RNA p.o.ly_merasteo complete polymerizationof up to a ionnuclcotidesm,aking elongationto emerge next to initiatioans a major regulatorys_tepm gone . expression.Severalaccessory_rotointactorsthatallow RNA polymerase to overcome thisllmitatioannd become "elongation-proficienhtave been desc.n.'beTdh.e focusof thisproposal,thebactcfiatproteiRnfaH, isa regulatorof severalong virulenceand fertiliotpyerons,where itprcterentialliyncreasesme expression of distalgenes.We have demonstratedthatRfaH binds to itsrecruitmentsequence,ops,exposed on _e surfaceof theRNA polymerase paused atan opa siteduringelongation.Following itsrecruitmentR,f.aH stimulatestranscriptiodnownstream of an ops sitebyonhancing elongationrateand suppressingpausing. However, RfaH only modestly inhibittserminationT.he detailedmechanism of RfaH action,descnbcctas "antiterminationr'e,mains obscure exceptforthefactthatitisdifferent.frotmhoseof otherantiterminators such as _,Nand LQ, which have profound effectson both elongationand terminationB.oth therecruitment mode and theeffectof RfaH on elongationareunique,thus!nsightsintothe RfaH mechanism willcontribute to thegeneralunderstandingof theregulationof transcripetlongationin bacteriand alsoin eukary0tes, where RfaH homologs arcImplicatedm elongationcontrolandlocalizeto theactivelytranscribedsites. In thisproposal,we willuse a combinationof biochemical,genetic,and biophysicalapproachesto addressseveralaspectsof RfaH action.Thefirstgoal of thisprojectisto c_lucidatehemolecularmechanism by which RfaH affectselongationthousandsofnucleotidesdownstream of itsrecruitmentsite.The central mechanisticquestionto be answered iswhether RfaH travelswith the elongatingRNA polym.eraseor .itt causesa conformationalchange inthe RNA polymerase thatperslstsforthous.andsofnuclc.otldaeddison . stepsafterRfaH dissociatefsrom thecomplex. The second goal of thisprojectisto determineflow umversai isthismechanism by findin_out whetherRfaH affectstranscriptiosnimilarlayt allsitesor istargetedto a particulasretof regulatoryslgnals.The thirdgoal of thisprojectisto map inte_ctionsbetween RfaH and the transcriptioenlongationcomplex, thusplacingRt'aHmechanism in itstructuraclontext. RfaH controlstheexpressionof thesecretedmolecules,components of thecellwall,antibioticsv,irulence factors,and proteinsrequiredforthemobilizationof transmissiblpelasmids.Proposed studieswilltherefore positivelyimpact researchin severalareasof bacteriabliology and evolution,such as synthesisof extracytoplasmicomponents, bacteriavlindence,lateraglone transfera,nd emergence of pathogens.