课题基金 / 基金详情

基于单细胞测序的超高维数据的统计方法研究

批准号:
12071305
项目类别:
面上项目
资助金额:
52.0 万元
负责人:
周彦
依托单位:
学科分类:
统计推断与统计计算
结题年份:
2024
批准年份:
2020
项目状态:
已结题
项目参与者:
周彦

项目摘要

结项摘要

周彦的其他基金

相似基金

相关文献

中文摘要
单细胞测序技术已经逐渐成为基因遗传和疾病分析,特别是癌症早期的诊断、追踪以及个体化治疗的重要手段。对单细胞测序超高维数据统计分析的难点在于样本数据测序深度严重不够,但数据量十分巨大且观测信号离散。本项目将重点研究统计方法解决如下难题:(1)在单细胞测序数据的分类判别过程中寻找影响分类的特征基因,从而提高癌症诊断的准确率;(2)单细胞测序数据分析中,如何在已知的癌症亚型基础上探索新的亚型的统计方法,并研究理论性质;(3)研究结合单细胞测序和重亚硫酸盐技术的scBS-seq数据寻找影响癌症的甲基化区域的统计方法;(4)研究scBS-seq数据进行癌症诊断的统计方法。为解决上述难题,本项目将利用单细胞测序数据的特点来筛选特征基因,利用离散分布等来拟合新数据,提出符合离散分布的模型来构建检验和分类判别等统计框架,并给出理论收敛性质。进一步,本项目也将新提出的统计方法应用到癌症的临床数据分析。
英文摘要
Single-cell sequencing technology has gradually become an important means of gene inheritance and disease analysis, especially for the early diagnosis, tracking and individualized treatment of cancer. One major challenge in analyzing the ultra-high dimensional single-cell sequencing data is that the sample data sequencing depth is seriously insufficient, whereas the volume of data is huge and the observation signal is discrete. This project will focus on statistical aspects to solve several important problems as follows: (1) In the process of the classification of single-cell sequencing data, the characteristic genes affecting the classification were searched so as to improve the accuracy of cancer diagnosis; (2) In the analysis of single cell sequencing data, how to explore the statistical methods of new cancer subtypes based on the known subtypes and study the theoretical properties; (3) To study scBS-seq data combined with single cell sequencing and heavy sulfite technology to find statistical methods affecting the methylation region of cancer; (4) To study the statistical methods of scBS-seq data for cancer diagnosis. Specifically to solve the above problems, this project will use the characteristics of single-cell sequencing data to screen feature genes, use the discrete distributions to fit the new data, propose the model conforming to the discrete distribution to build the statistical framework for hypothesis testing and classification, and derive the theoretical convergence. Furthermore, the project will also apply the newly proposed statistical methods to analyze some clinical data of cancer.
本项目主要研究了围绕单细胞测序数据在生物信息或其他应用中的统计问题。关于在单细胞测序数据的分类判别过程中寻找影响分类的特征基因问题。该成果中具有突破性的结果主要有,提出CAEN方法有效地提取各个类别的特征基因,从而较大地提高了分类的准确性。关于如何在已知的癌症亚型基础上探索新的亚型的统计方法研究,目前该成果已经考虑利用SVM结合MEB方法进行新的亚类探索,并取得较好的效果。在单细胞甲基化水平差异性检验的问题上,提出了scDMV的统计框架,针对0和1过多的情况,提出了0和1膨胀的混合先验分布,并利用EM算法估计参数。最后对参数检验效果取得了很大的提高。另外,在纵向数据和测量误差方面也有相应的统计方法和理论研究并发表数篇SCI论文。本项目研究历时四年,共在SCI期刊上发表了28篇和核心期刊2篇高水平的相关学术论文,开发5个统计软件包。项目第一标注的15篇,第二标注10篇。培养硕士生20名,毕业14名,本科生20名,并招收1名博士和2名博士后。
基于单细胞Hi-C数据的标准化,分类及荟萃分析
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    15.0万元
  • 批准年份:
    2024
  • 负责人:
    周彦
  • 依托单位:
基于深度学习对单细胞测序数据的统计分析
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    10.0万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    周彦
  • 依托单位:
基于新一代测序数据的标准化,FDR控制及分类问题的统计方法研究
  • 批准号:
    11701385
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    24.0万元
  • 批准年份:
    2017
  • 负责人:
    周彦
  • 依托单位:
基于Medip-seq 和MRE-seq数据的甲基化水平的估计及差异性检验
  • 批准号:
    11526143
  • 项目类别:
    数学天元基金项目
  • 资助金额:
    3.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    周彦
  • 依托单位:
国内基金
海外基金