A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.
A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex.
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肺炎克雷伯菌及其近缘种复合体的基因组监测框架和基因分型工具。
DOI：
10.1038/s41467-021-24448-3
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发表时间：
2021-07-07
影响因子：
16.6
通讯作者：
Holt KE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lam MMC;Wick RR;Watts SC;Cerdeira LT;Wyres KL;Holt KE
肺炎克雷伯氏菌是抗生素耐药（AMR）医疗保健相关感染、新生儿败血症和社区获得性肝脓肿的主要原因，并与慢性肠道疾病相关。其多样性和复杂的种群结构对K. pneumoniae基因组数据。在这里，我们介绍Kleborate，一个分析K.肺炎及其相关种属复合体，其巩固了对已证实的临床重要性的关键特征的询问。Kleborate提供了一个框架，以支持研究，临床和公共卫生环境中的基因组监测和流行病学。为了证明其实用性，我们应用Kleborate分析了公开的克雷伯菌基因组，包括来自产碳青霉烯酶克雷伯菌的泛欧研究的临床分离株，突出了AMR和毒力的全球趋势，作为通过在更系统的基因组监测工作中应用该基因组框架可以实现的目标的例子。我们还展示了应用Kleborate检测和分型K。来自肠道宏基因组的肺炎。肺炎克雷伯氏菌是一种日益引起公众健康关注的病原体，并且抗菌素耐药性变得越来越普遍。在这里，作者描述了一个K。pneumoniae基因分型工具Kleborate，可用于鉴定谱系和检测抗微生物剂耐药性和毒力基因座。
Klebsiella pneumoniae is a leading cause of antimicrobial-resistant (AMR) healthcare-associated infections, neonatal sepsis and community-acquired liver abscess, and is associated with chronic intestinal diseases. Its diversity and complex population structure pose challenges for analysis and interpretation of K. pneumoniae genome data. Here we introduce Kleborate, a tool for analysing genomes of K. pneumoniae and its associated species complex, which consolidates interrogation of key features of proven clinical importance. Kleborate provides a framework to support genomic surveillance and epidemiology in research, clinical and public health settings. To demonstrate its utility we apply Kleborate to analyse publicly available Klebsiella genomes, including clinical isolates from a pan-European study of carbapenemase-producing Klebsiella, highlighting global trends in AMR and virulence as examples of what could be achieved by applying this genomic framework within more systematic genomic surveillance efforts. We also demonstrate the application of Kleborate to detect and type K. pneumoniae from gut metagenomes. Klebsiella pneumoniae is a pathogen of increasing public health concern and antimicrobial resistance is becoming more prevalent. Here, the authors describe a K. pneumoniae genotyping tool, Kleborate, that can be used to identify lineages and detect antimicrobial resistance and virulence loci.
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DOI：
10.1038/s41396-020-0726-z
发表时间：
2020-12
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
de Sousa JAM;Buffet A;Haudiquet M;Rocha EPC;Rendueles O
通讯作者：
Rendueles O
DOI：
10.1093/cid/cix270
发表时间：
2017-07-15
期刊：
Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America
影响因子：
--
作者：
Gorrie CL;Mirceta M;Wick RR;Edwards DJ;Thomson NR;Strugnell RA;Pratt NF;Garlick JS;Watson KM;Pilcher DV;McGloughlin SA;Spelman DW;Jenney AWJ;Holt KE
通讯作者：
Holt KE
影响因子：
9.4
作者：
Agyekum, Alex;Fajardo-Lubian, Alicia;Iredell, Jonathan R.
通讯作者：
Iredell, Jonathan R.
过度抗呼吸和多药的肺炎克隆基团的基因组定义。
影响因子：
11.8
作者：
Bialek-Davenet S;Criscuolo A;Ailloud F;Passet V;Jones L;Delannoy-Vieillard AS;Garin B;Le Hello S;Arlet G;Nicolas-Chanoine MH;Decré D;Brisse S
通讯作者：
Brisse S
影响因子：
15.9
作者：
Chen, Liang;Mathema, Barun;Chavda, Kalyan D.;DeLeo, Frank R.;Bonomo, Robert A.;Kreiswirth, Barry N.
通讯作者：
Kreiswirth, Barry N.