In Situ Hi-C Library Preparation for Plants to Study Their Three-Dimensional Chromatin Interactions on a Genome-Wide Scale.
In Situ Hi-C Library Preparation for Plants to Study Their Three-Dimensional Chromatin Interactions on a Genome-Wide Scale.
复制标题
植物原位 Hi-C 文库制备，用于研究全基因组范围内的三维染色质相互作用
DOI：
10.1007/978-1-4939-7125-1_11
复制
发表时间：
2017
影响因子：
--
通讯作者：
Chang Liu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang Liu
基因组在细胞核中的空间组织对于许多细胞过程至关重要。人们普遍认为，细胞核内染色质的堆积不是随机的，而是在几个层次上结构化的。Hi-C方法结合了染色质构象捕获和高通量测序，允许询问全基因组染色质相互作用。根据测序深度，可以在染色体规模或局部基因水平上观察来自Hi-C实验的染色质包装模式。在这里，我描述了一个协议的植物原位Hi-C库的制备，其中包括从组织固定库扩增开始的程序。
The spatial organization of the genome in the nucleus is critical for many cellular processes. It has been broadly accepted that the packing of chromatin inside the nucleus is not random, but structured at several hierarchical levels. The Hi-C method combines Chromatin Conformation Capture and high-throughput sequencing, which allows interrogating genome-wide chromatin interactions. Depending on the sequencing depth, chromatin packing patterns derived from Hi-C experiments can be viewed on a chromosomal scale or at a local genic level. Here, I describe a protocol of plant in situ Hi-C library preparation, which covers procedures starting from tissue fixation to library amplification.
影响因子：
7
作者：
Dostie, Josee;Richmond, Todd A.;Dekker, Job
通讯作者：
Dekker, Job
影响因子：
64.5
作者：
Rao SS;Huntley MH;Durand NC;Stamenova EK;Bochkov ID;Robinson JT;Sanborn AL;Machol I;Omer AD;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
影响因子：
16
作者：
Feng, Suhua;Cokus, Shawn J.;Schubert, Veit;Zhai, Jixian;Pellegrini, Matteo;Jacobsen, Steven E.
通讯作者：
Jacobsen, Steven E.