Genome-wide Hi-C analyses in wild-type and mutants reveal high-resolution chromatin interactions in Arabidopsis.
Genome-wide Hi-C analyses in wild-type and mutants reveal high-resolution chromatin interactions in Arabidopsis.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2014.07.008
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发表时间：
2014-09-04
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Jacobsen, Steven E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feng, Suhua;Cokus, Shawn J.;Schubert, Veit;Zhai, Jixian;Pellegrini, Matteo;Jacobsen, Steven E.
染色体形成对细胞和遗传过程的调节至关重要的三维结构。在这里，我们提出了一个研究的全球染色质相互作用模式在拟南芥。我们的全基因组方法证实了以前通过其他方法观察到的相互作用，以及以前未知的长程相互作用，例如嵌入常染色质臂中的小异染色质区域之间的相互作用。我们还发现，相互作用与各种表观遗传标记相关，这些标记位于活跃或沉默的染色质中。拟南芥染色体不包含类似于动物中描述的拓扑结构域的大的局部相互作用域，而是包含分散在基因组周围的相对小的相互作用区域，其包含H3K27me3或H3K9me2。我们在特定表观遗传途径有缺陷的突变体中生成了相互作用图，并发现了与表观基因组变化相关的改变的相互作用模式。这些分析为基因组表观遗传调控的分子机制提供了进一步的见解。
Chromosomes form three-dimensional structures that are critical to the regulation of cellular and genetic processes. Here, we present a study of global chromatin interaction patterns in Arabidopsis thaliana. Our genome-wide approach confirmed interactions that were previously observed by other methods as well as uncovered previously unknown long-range interactions such as those among small heterochromatic regions embedded in euchromatic arms. We also found that interactions are correlated with various epigenetic marks that are localized in active or silenced chromatin. Arabidopsis chromosomes do not contain large local interactive domains that resemble the topological domains described in animals, but instead contain relatively small interactive regions scattered around the genome that contain H3K27me3 or H3K9me2. We generated interaction maps in mutants that are defective in specific epigenetic pathways and found altered interaction patterns that correlate with changes in the epigenome. These analyses provide further insights into molecular mechanisms of epigenetic regulation of the genome.
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影响因子：
9.5
作者：
Feng S;Jacobsen SE
通讯作者：
Jacobsen SE
影响因子：
64.8
作者：
Sanyal, Amartya;Lajoie, Bryan R.;Jain, Gaurav;Dekker, Job
通讯作者：
Dekker, Job
DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Jin, Fulai;Li, Yan;Dixon, Jesse R.;Selvaraj, Siddarth;Ye, Zhen;Lee, Ah Young;Yen, Chia-An;Schmitt, Anthony D.;Espinoza, Celso A.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
10.5
作者：
Rosa S;De Lucia F;Mylne JS;Zhu D;Ohmido N;Pendle A;Kato N;Shaw P;Dean C
通讯作者：
Dean C