FunCoup 3.0: database of genome-wide functional coupling networks.
FunCoup 3.0: database of genome-wide functional coupling networks.
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DOI：
10.1093/nar/gkt984
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sonnhammer EL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmitt T;Ogris C;Sonnhammer EL
我们提供了 FunCoup 数据库 (http://FunCoup.sbc.su.se) 的更新，该数据库包含基因和基因产物之间的功能耦合或功能关联。识别这些功能耦合是理解复杂细胞过程执行的更高级别机制的重要一步。 FunCoup 区分四类耦合：参与相同的信号级联、参与相同的代谢过程、蛋白质复合物的共同成员资格和物理相互作用。对于这四类中的每一类，通过贝叶斯积分结合几种类型的实验和统计证据来预测全基因组功能耦合网络。 FunCoup 框架已完全重新实现，以允许未来更频繁的更新。它包含许多改进，例如自动降低冗余证据权重的正则化程序以及纳入系统发育谱相似性的新方法。 FunCoup 3.0 更新了多个数据集并添加了新数据。此外，我们还开发了一个新网站，它提供了强大的工具来探索预测网络并检索有关每个预测背后的数据的详细信息。
We present an update of the FunCoup database (http://FunCoup.sbc.su.se) of functional couplings, or functional associations, between genes and gene products. Identifying these functional couplings is an important step in the understanding of higher level mechanisms performed by complex cellular processes. FunCoup distinguishes between four classes of couplings: participation in the same signaling cascade, participation in the same metabolic process, co-membership in a protein complex and physical interaction. For each of these four classes, several types of experimental and statistical evidence are combined by Bayesian integration to predict genome-wide functional coupling networks. The FunCoup framework has been completely re-implemented to allow for more frequent future updates. It contains many improvements, such as a regularization procedure to automatically downweight redundant evidences and a novel method to incorporate phylogenetic profile similarity. Several datasets have been updated and new data have been added in FunCoup 3.0. Furthermore, we have developed a new Web site, which provides powerful tools to explore the predicted networks and to retrieve detailed information about the data underlying each prediction.
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影响因子：
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作者：
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通讯作者：
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通讯作者：
Sonnhammer, Erik L. L.
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通讯作者：
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp203
发表时间：
2009-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Liao CS;Lu K;Baym M;Singh R;Berger B
通讯作者：
Berger B