IsoRankN: spectral methods for global alignment of multiple protein networks.
IsoRankN: spectral methods for global alignment of multiple protein networks.
复制标题
Isorankn：多个蛋白质网络全局对齐的光谱方法。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp203
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发表时间：
2009-06-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berger B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liao CS;Lu K;Baym M;Singh R;Berger B
动机：随着大型蛋白质-蛋白质相互作用网络的日益可用性，蛋白质网络对齐的问题正成为系统生物学的核心。网络对齐进一步划分为两个子问题：局部对齐，寻找跨网络的小保守基序；全局对齐，试图找到两个网络的所有节点之间的最佳映射。在本文中，我们的目标是改进现有的全局对齐结果。更好的网络比对将使跨物种功能同源物的更准确识别成为可能。结果：引入了基于两两比对分数诱导图的光谱聚类的全球多网络比对工具IsoRankN （isorrank - nibble）。IsoRankN在覆盖范围和一致性方面优于现有的全球网络比对算法，对五个可用的真核生物网络进行多重比对。基于谱方法的IsoRankN具有容错和计算效率高的特点。可用性：我们的软件可免费用于非商业目的，请联系：http://isorank.csail.mit.edu/
Motivation: With the increasing availability of large protein–protein interaction networks, the question of protein network alignment is becoming central to systems biology. Network alignment is further delineated into two sub-problems: local alignment, to find small conserved motifs across networks, and global alignment, which attempts to find a best mapping between all nodes of the two networks. In this article, our aim is to improve upon existing global alignment results. Better network alignment will enable, among other things, more accurate identification of functional orthologs across species. Results: We introduce IsoRankN (IsoRank-Nibble) a global multiple-network alignment tool based on spectral clustering on the induced graph of pairwise alignment scores. IsoRankN outperforms existing algorithms for global network alignment in coverage and consistency on multiple alignments of the five available eukaryotic networks. Being based on spectral methods, IsoRankN is both error tolerant and computationally efficient. Availability: Our software is available freely for non-commercial purposes on request from: http://isorank.csail.mit.edu/ Contact: bab@mit.edu
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DOI：
10.1073/pnas.0409522102
发表时间：
2005-02-08
影响因子：
11.1
作者：
Sharan, R;Suthram, S;Ideker, T
通讯作者：
Ideker, T
影响因子：
7
作者：
Matthews, LR;Vaglio, P;Vidal, M
通讯作者：
Vidal, M
影响因子：
64.8
作者：
Uetz, P;Giot, L;Rothberg, JM
通讯作者：
Rothberg, JM
Biogrid：交互数据集的一般存储库。
影响因子：
14.9
作者：
Stark, Chris;Breitkreutz, Bobby-Joe;Reguly, Teresa;Boucher, Lorrie;Breitkreutz, Ashton;Tyers, Mike
通讯作者：
Tyers, Mike
影响因子：
14.9
作者：
THOMPSON, JD;HIGGINS, DG;GIBSON, TJ
通讯作者：
GIBSON, TJ