Metagenomic analysis of the airborne environment in urban spaces.
Metagenomic analysis of the airborne environment in urban spaces.
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城市空间中空降环境的宏基因组分析。
DOI：
10.1007/s00248-014-0517-z
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发表时间：
2015-02
影响因子：
3.6
通讯作者：
Jaing, Crystal J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Be, Nicholas A.;Thissen, James B.;Fofanov, Viacheslav Y.;Allen, Jonathan E.;Rojas, Mark;Golovko, George;Fofanov, Yuriy;Koshinsky, Heather;Jaing, Crystal J.
气溶胶微环境中的生物体，尤其是人口稠密的城市地区，与维护公共卫生和检测潜在的流行病或生物威胁因子有关。为了检查这种环境中的气溶胶微生物，我们对城市气溶胶监测计划的材料进行了测序。对从空气过滤器中提取的四个季节期间获得的 DNA 进行了全宏基因组测序。细菌、植物、真菌、无脊椎动物和病毒的组成表现出明显的时间变化。在已知暴露于雾化孢子的样品中检测到了苏云金芽孢杆菌库斯塔基血清型，这说明了这种方法在识别故意引入的微生物制剂方面的潜在效用。这些数据共同证明了城市气溶胶随时间变化的宏基因组复杂性，以及基因组分析技术在生物监测和公共卫生威胁监测方面的潜力。本文的在线版本 (doi:10.1007/s00248-014-0517-z) 包含补充材料，可供授权用户使用。
The organisms in aerosol microenvironments, especially densely populated urban areas, are relevant to maintenance of public health and detection of potential epidemic or biothreat agents. To examine aerosolized microorganisms in this environment, we performed sequencing on the material from an urban aerosol surveillance program. Whole metagenome sequencing was applied to DNA extracted from air filters obtained during periods from each of the four seasons. The composition of bacteria, plants, fungi, invertebrates, and viruses demonstrated distinct temporal shifts. Bacillus thuringiensis serovar kurstaki was detected in samples known to be exposed to aerosolized spores, illustrating the potential utility of this approach for identification of intentionally introduced microbial agents. Together, these data demonstrate the temporally dependent metagenomic complexity of urban aerosols and the potential of genomic analytical techniques for biosurveillance and monitoring of threats to public health. The online version of this article (doi:10.1007/s00248-014-0517-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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