Structural systems biology evaluation of metabolic thermotolerance in Escherichia coli.
Structural systems biology evaluation of metabolic thermotolerance in Escherichia coli.
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DOI：
10.1126/science.1234012
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发表时间：
2013-06-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Palsson BO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang RL;Andrews K;Kim D;Li Z;Godzik A;Palsson BO
基因组规模的网络重建已经使许多系统的代谢预测建模成为可能。传统上，蛋白质的结构信息没有在这样的重建表示。通过包括实验和预测的蛋白质结构来扩展大肠杆菌代谢的基因组规模模型，使得能够在网络环境中分析蛋白质热稳定性，从而预测在超最佳温度下限制网络功能的蛋白质活性，并对适应热的菌株中发现的突变进行机械解释。预测的生长限制因素的耐热性进行了验证，通过营养补充实验和定义的代谢敏感性热应激，提供证据表明，代谢酶的热稳定性是速率限制在超最佳温度。结构信息的纳入扩展了基因组规模的代谢网络的内容和预测能力，使代谢的结构系统生物学成为可能。
Genome scale network reconstruction has enabled predictive modeling of metabolism for many systems. Traditionally, protein structural information has not been represented in such reconstructions. Expanding a genome-scale model of Escherichia coli metabolism by including experimental and predicted protein structures enabled the analysis of protein thermostability in a network context, allowing prediction of protein activities that limit network function at super-optimal temperature and mechanistic interpretations of mutations found in strains adapted to heat. Predicted growth-limiting factors for thermotolerance were validated through nutrient supplementation experiments and defined metabolic sensitivities to heat stress, providing evidence that metabolic enzyme thermostability is rate limiting at super-optimal temperature. Inclusion of structural information expanded the content and predictive capability of genome-scale metabolic networks enabling structural systems biology of metabolism.
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影响因子：
56.9
作者：
Korkegian, A;Black, ME;Stoddard, BL
通讯作者：
Stoddard, BL
影响因子：
9.9
作者：
Orth, Jeffrey D.;Conrad, Tom M.;Na, Jessica;Lerman, Joshua A.;Nam, Hojung;Feist, Adam M.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
6.4
作者：
Turner P;Mamo G;Karlsson EN
通讯作者：
Karlsson EN
DOI：
10.1073/pnas.1114477108
发表时间：
2011-11-01
影响因子：
11.1
作者：
Dill, Ken A.;Ghosh, Kingshuk;Schmit, Jeremy D.
通讯作者：
Schmit, Jeremy D.
影响因子：
1.8
作者：
MURPHY, KP;FREIRE, E
通讯作者：
FREIRE, E