SquiggleKit: a toolkit for manipulating nanopore signal data.
SquiggleKit: a toolkit for manipulating nanopore signal data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btz586
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发表时间：
2019-12-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
原始纳米孔测序数据的管理提出了一个必须克服的挑战，以促进基于信号分析的新生物信息学算法的创建。SquiggleKit是一个用于操纵和询问纳米孔数据的工具包，简化了文件处理，数据提取，可视化和信号处理。SquiggleKit是跨平台的，可以从GitHub免费获得（https://github.com/Psy-Fer/SquiggleKit）。详细的文档可以在（https://psy-fer.github.io/SquiggleKitDocs/）上找到。所有的工具都被设计成在python 2.7+中运行，只有很少的额外库。补充数据可在生物信息学网站获得。
The management of raw nanopore sequencing data poses a challenge that must be overcome to facilitate the creation of new bioinformatics algorithms predicated on signal analysis. SquiggleKit is a toolkit for manipulating and interrogating nanopore data that simplifies file handling, data extraction, visualization and signal processing. SquiggleKit is cross platform and freely available from GitHub at (https://github.com/Psy-Fer/SquiggleKit). Detailed documentation can be found at (https://psy-fer.github.io/SquiggleKitDocs/). All tools have been designed to operate in python 2.7+, with minimal additional libraries. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
12.3
作者：
Rang FJ;Kloosterman WP;de Ridder J
通讯作者：
de Ridder J
影响因子：
5.8
作者：
Schreiber, Jacob;Karplus, Kevin
通讯作者：
Karplus, Kevin
影响因子：
48
作者：
Rand AC;Jain M;Eizenga JM;Musselman-Brown A;Olsen HE;Akeson M;Paten B
通讯作者：
Paten B
DOI：
10.1261/rna.063503.117
发表时间：
2017-12
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jonkhout N;Tran J;Smith MA;Schonrock N;Mattick JS;Novoa EM
通讯作者：
Novoa EM
影响因子：
48
作者：
Garalde, Daniel R.;Snell, Elizabeth A.;Turner, Daniel J.
通讯作者：
Turner, Daniel J.