Visualizing and comparing circular genomes using the CGView family of tools.
Visualizing and comparing circular genomes using the CGView family of tools.
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DOI：
10.1093/bib/bbx081
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发表时间：
2019-07-19
影响因子：
9.5
通讯作者：
Van Domselaar G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stothard P;Grant JR;Van Domselaar G
图形基因组图谱被广泛用于评估基因组特征和序列特征。CGView（Circular Genome Viewer）软件系列是一个流行的工具集合，用于生成细菌、细胞器和病毒的基因组图谱。在这篇评论中，我们描述了原来的CGView程序的功能，沿着的后续配套应用程序，包括CGView服务器和CGView比较工具。我们还讨论了GView，一个图形化的用户界面，启用CGView重写，和GView服务器，它提供了几个集成的分析，用于确定共享或独特的基因组区域相对于一个集合的比较基因组。最后，我们对我们目前与CGView相关的开发工作进行了一些评论，旨在增加新功能，同时提高易用性。
Graphical genome maps are widely used to assess genome features and sequence characteristics. The CGView (Circular Genome Viewer) software family is a popular collection of tools for generating genome maps for bacteria, organelles and viruses. In this review, we describe the capabilities of the original CGView program along with those of subsequent companion applications, including the CGView Server and the CGView Comparison Tool. We also discuss GView, a graphical user interface-enabled rewrite of CGView, and the GView Server, which offers several integrated analyses for identifying shared or unique genome regions relative to a collection of comparison genomes. We conclude with some remarks about our current development efforts related to CGView aimed at adding new functionality while increasing ease of use.
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影响因子：
9.5
作者：
Thorvaldsdóttir H;Robinson JT;Mesirov JP
通讯作者：
Mesirov JP
影响因子：
7
作者：
Skinner, Mitchell E.;Uzilov, Andrew V.;Holmes, Ian H.
通讯作者：
Holmes, Ian H.
影响因子：
30.8
作者：
Desjardins CA;Cohen KA;Munsamy V;Abeel T;Maharaj K;Walker BJ;Shea TP;Almeida DV;Manson AL;Salazar A;Padayatchi N;O'Donnell MR;Mlisana KP;Wortman J;Birren BW;Grosset J;Earl AM;Pym AS
通讯作者：
Pym AS
影响因子：
14.9
作者：
Grant JR;Stothard P
通讯作者：
Stothard P
影响因子：
5.8
作者：
Stothard, P;Wishart, DS
通讯作者：
Wishart, DS