Transcriptional regulation by small RNAs at sequences downstream from 3' gene termini.
Transcriptional regulation by small RNAs at sequences downstream from 3' gene termini.
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DOI：
10.1038/nchembio.400
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发表时间：
2010-08
影响因子：
14.8
通讯作者：
Corey DR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yue X;Schwartz JC;Chu Y;Younger ST;Gagnon KT;Elbashir S;Janowski BA;Corey DR
转录组研究显示许多非编码转录本与3'端基因末端重叠。这些转录本的功能尚不清楚。在这里，我们的特点在孕激素受体（PR）基因座转录，并确定非编码转录重叠的3'端的基因。与PR mRNA 3'末端以外的序列互补的小RNA调节PR的表达，将argonaute募集到3'非编码转录物中，改变RNA聚合酶II的占有率，诱导PR启动子处的染色质变化，并影响对生理刺激的反应。我们发现PR基因座的启动子和3'末端区域非常接近，为RNA介导的长基因组距离转录控制提供了潜在的机制。计算分析导致鉴定出靶向3'下游区域并调节PR表达的抑制性miRNA。这些结果扩展了小RNA调节mRNA 3'末端以外区域转录的潜力。
Transcriptome studies reveal many noncoding transcripts overlapping 3’ gene termini. The function of these transcripts is unknown. Here we characterize transcription at the progesterone receptor (PR) locus and identify noncoding transcripts that overlap the 3’ end of the gene. Small RNAs complementary to sequences beyond the 3’ terminus of PR mRNA modulate expression of PR, recruit argonaute to a 3’-noncoding transcript, alter occupancy of RNA polymerase II, induce chromatin changes at the PR promoter, and affect responses to physiologic stimuli. We find that the promoter and 3’ terminal regions of the PR locus are in close proximity, providing a potential mechanism for RNA-mediated control of transcription over long genomic distances. Computational analysis led to identification of an inhibitory miRNA that targets the 3’ downstream region and modulates PR expression. These results extend the potential for small RNAs to regulate transcription to regions beyond the 3’ termini of mRNA.
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