A negative feedback loop of transcription factors specifies alternative dendritic cell chromatin States.
A negative feedback loop of transcription factors specifies alternative dendritic cell chromatin States.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2014.10.014
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发表时间：
2014-12-18
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Amit I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bornstein C;Winter D;Barnett-Itzhaki Z;David E;Kadri S;Garber M;Amit I
在造血过程中，来自同一干细胞库的细胞分化成不同的细胞类型。使共同的祖细胞分化成替代细胞命运的机制尚未完全理解。在这里，我们确定细胞命运决定转录因子（TF）管理树突状细胞（DC）的发展，通过注释增强子景观的DC谱系。将这些分析与详细的过表达，敲低和ChIP-Seq研究相结合，我们表明Irf 8作为浆细胞样DC表观遗传和命运决定TF发挥作用，调节数千个pDC增强子中的大量细胞特异性染色质变化。重要的是，Irf 8与Cebpb形成负反馈回路，Cebpb是单核细胞衍生的DC表观遗传命运决定TF。我们表明，使用这种电路逻辑，TF表达的脉冲可以稳定地定义表观遗传和转录状态，无论微环境如何。更广泛地说，我们的研究提出了一个通用的范式，允许具有类似信号依赖因子的密切相关的细胞产生差异和持久的增强子景观。
During hematopoiesis, cells originating from the same stem cell reservoir differentiate into distinct cell types. The mechanisms enabling common progenitors to differentiate into alternative cell fates are not fully understood. Here, we identify cell-fate-determining transcription factors (TF) governing dendritic cell (DC) development by annotating the enhancer landscapes of the DC lineage. Combining these analyses with detailed over-expression, knockdown and ChIP-Seq studies, we show that Irf8 functions as a plasmacytoid DC epigenetic and fate-determining TF, regulating massive, cell-specific chromatin changes in thousands of pDC enhancers. Importantly, Irf8 forms a negative feedback loop with Cebpb, a monocyte-derived DC epigenetic fate-determining TF. We show that using this circuit logic, a pulse of TF expression can stably define epigenetic and transcriptional states, regardless of the microenvironment. More broadly, our study proposes a general paradigm that allows closely related cells with a similar set of signal-dependent factors to generate differential and persistent enhancer landscapes.
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影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
DOI：
10.1126/science.1179050
发表时间：
2009-10-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Amit I;Garber M;Chevrier N;Leite AP;Donner Y;Eisenhaure T;Guttman M;Grenier JK;Li W;Zuk O;Schubert LA;Birditt B;Shay T;Goren A;Zhang X;Smith Z;Deering R;McDonald RC;Cabili M;Bernstein BE;Rinn JL;Meissner A;Root DE;Hacohen N;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Cheedipudi S;Genolet O;Dobreva G
通讯作者：
Dobreva G