RBPDB: a database of RNA-binding specificities.
RBPDB: a database of RNA-binding specificities.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1069
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hughes TR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cook KB;Kazan H;Zuberi K;Morris Q;Hughes TR
RNA结合蛋白数据库（RBPDB）是一个收集RNA结合位点的实验观察，在体外和体内，手动策划从主要文献。为了构建RBPDB，我们进行了文献检索，以获得四种后生动物（人，小鼠，苍蝇和蠕虫）中所有具有已知RNA结合结构域的RNA结合蛋白（RBP）的实验结合数据。总的来说，RPBDB包含272个RBP的结合数据，包括71个具有位置权重矩阵格式的基序，以及36组来自免疫沉淀实验的体内结合转录物的序列。该数据库可通过一个网络界面访问，该界面允许按域或按生物体浏览、搜索和导出记录以及批量数据下载。用户还可以使用RBPDB扫描序列中的RBP结合位点。RBPDB是免费提供的，无需在http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/注册。
The RNA-Binding Protein DataBase (RBPDB) is a collection of experimental observations of RNA-binding sites, both in vitro and in vivo, manually curated from primary literature. To build RBPDB, we performed a literature search for experimental binding data for all RNA-binding proteins (RBPs) with known RNA-binding domains in four metazoan species (human, mouse, fly and worm). In total, RPBDB contains binding data on 272 RBPs, including 71 that have motifs in position weight matrix format, and 36 sets of sequences of in vivo-bound transcripts from immunoprecipitation experiments. The database is accessible by a web interface which allows browsing by domain or by organism, searching and export of records, and bulk data downloads. Users can also use RBPDB to scan sequences for RBP-binding sites. RBPDB is freely available, without registration at http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/.
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