Plasticity of archaeal C/D box sRNA biogenesis
Plasticity of archaeal C/D box sRNA biogenesis
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古细菌 C/D 盒 sRNA 生物发生的可塑性
DOI：
10.1111/mmi.13549
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发表时间：
2017
影响因子：
3.6
通讯作者：
Randau L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tripp V;Martin R;Orell A;Alkhnbashi OS;Backofen R;Randau L
古生物和真核生物都含有一组C/D盒S(NO)RNA，其引导序列决定了靶RNA的核糖2‘-O甲基化位点。这些C/D盒SRNA组的组成在生物体之间变化很大，导致不同的RNA修饰模式，这对核糖体RNA的折叠和稳定性是重要的。古生菌中C/D盒SRNA基因的基因组组织知之甚少。在这里，我们的目标是首次深入了解这些古生菌C/D盒sRNA的生物发生，并分析300多个古生菌sRNA基因的遗传背景。我们发现，这些基因中的大多数没有独立的启动子，而是位于允许与邻近基因共转录的位置，它们的起始或终止密码子经常被整合到保守的BoxC和D基序中。分析了C/D盒SRNA变异体在活体中的生物发生。研究发现，C/D盒SRNA的成熟与其遗传背景无关，仅依赖于完整RNA扭折结构的存在。观察到的C/D盒SRNA生物发生的可塑性被认为是为了使它们能够加速进化，从而允许调整RNA修饰的格局。
Archaeal and eukaryotic organisms contain sets of C/D box s(no)RNAs with guide sequences that determine ribose 2′‐O‐methylation sites of target RNAs. The composition of these C/D box sRNA sets is highly variable between organisms and results in varying RNA modification patterns which are important for ribosomal RNA folding and stability. Little is known about the genomic organization of C/D box sRNA genes in archaea. Here, we aimed to obtain first insights into the biogenesis of these archaeal C/D box sRNAs and analyzed the genetic context of more than 300 archaeal sRNA genes. We found that the majority of these genes do not possess independent promoters but are rather located at positions that allow for co‐transcription with neighboring genes and their start or stop codons were frequently incorporated into the conserved boxC and D motifs. The biogenesis of plasmid‐encoded C/D box sRNA variants was analyzedin vivoinSulfolobus acidocaldarius. It was found that C/D box sRNA maturation occurs independent of their genetic context and relies solely on the presence of intact RNA kink‐turn structures. The observed plasticity of C/D box sRNA biogenesis is suggested to enable their accelerated evolution and, consequently, allow for adjustments of the RNA modification landscape.
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影响因子：
3.7
作者：
Märtens B;Amman F;Manoharadas S;Zeichen L;Orell A;Albers SV;Hofacker I;Bläsi U
通讯作者：
Bläsi U
影响因子：
10.5
作者：
Mitchell, P;Petfalski, E;Tollervey, D
通讯作者：
Tollervey, D
影响因子：
11.4
作者：
Caffarelli, E;Fatica, A;Bozzoni, I
通讯作者：
Bozzoni, I
古细菌和 BHB 元素中经过加工的小 RNA
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
作者：
Sarah J. Berkemer;C. H. Z. Siederdissen;F. Amman;Axel Wintsche;S. Will;I. Hofacker;Sonja J. Prohaska;P. Stadler
通讯作者：
P. Stadler
影响因子：
16
作者：
Tycowski, KT;You, ZH;Steitz, JA
通讯作者：
Steitz, JA