NeAT: a toolbox for the analysis of biological networks, clusters, classes and pathways.
NeAT: a toolbox for the analysis of biological networks, clusters, classes and pathways.
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DOI：
10.1093/nar/gkn336
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发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
van Helden J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brohée S;Faust K;Lima-Mendez G;Sand O;Janky R;Vanderstocken G;Deville Y;van Helden J
网络分析工具（NeAT） （http://rsat.ulb.ac.be/neat/）提供了一个用户友好的web访问，可访问用于分析网络（图）和集群（例如微阵列集群，功能类等）的模块化工具集合。第一组工具支持图的基本操作（两个图之间的比较、一组输入节点的邻域、路径查找和图随机化）。另一组程序在网络和集群之间建立连接（基于图的集群、派系发现和集群到网络的映射）。工具箱还包括用于检测集群/类别之间的重要交集的程序（例如，共表达集群与功能类别的基因）。NeAT旨在处理大型数据集，并为分析存储在各种数据库（蛋白质相互作用，调节和代谢）或高通量实验（双杂交，质谱和微阵列）中获得的生物网络提供灵活的工具箱。web界面将程序连接在预定义的分析流中，从而能够解决有关感兴趣的网络的一系列问题。每个工具也可以通过输入特定分析的自定义数据来单独使用。NeAT还可以用作web服务（SOAP/WSDL接口），以便设计程序化工作流并将其与其他可用资源集成。
The network analysis tools (NeAT) (http://rsat.ulb.ac.be/neat/) provide a user-friendly web access to a collection of modular tools for the analysis of networks (graphs) and clusters (e.g. microarray clusters, functional classes, etc.). A first set of tools supports basic operations on graphs (comparison between two graphs, neighborhood of a set of input nodes, path finding and graph randomization). Another set of programs makes the connection between networks and clusters (graph-based clustering, cliques discovery and mapping of clusters onto a network). The toolbox also includes programs for detecting significant intersections between clusters/classes (e.g. clusters of co-expression versus functional classes of genes). NeAT are designed to cope with large datasets and provide a flexible toolbox for analyzing biological networks stored in various databases (protein interactions, regulation and metabolism) or obtained from high-throughput experiments (two-hybrid, mass-spectrometry and microarrays). The web interface interconnects the programs in predefined analysis flows, enabling to address a series of questions about networks of interest. Each tool can also be used separately by entering custom data for a specific analysis. NeAT can also be used as web services (SOAP/WSDL interface), in order to design programmatic workflows and integrate them with other available resources.
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