mUbiSiDa: a comprehensive database for protein ubiquitination sites in mammals.
mUbiSiDa: a comprehensive database for protein ubiquitination sites in mammals.
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mUbiSiDa：哺乳动物蛋白质泛素化位点综合数据库
DOI：
10.1371/journal.pone.0085744
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Sha J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen T;Zhou T;He B;Yu H;Guo X;Song X;Sha J
蛋白质泛素化是一种重要的翻译后修饰，它通过将泛素连接到靶蛋白的特定赖氨酸残基上，在许多细胞过程中起着重要的调节作用。近年来的研究表明，蛋白质泛素化异常与多种疾病有关，包括肿瘤抑制蛋白、癌蛋白、细胞周期调节蛋白等。蛋白质泛素化位点的详细信息有助于科学家研究许多细胞活动和相关疾病的机制。结果本研究建立了mUbiSida哺乳动物泛素化位点数据库，为科学界提供了全面、免费、高质量的哺乳动物蛋白质泛素化位点资源。在mUbiSida中，我们存放了来自五个物种的约35，494个实验验证的泛素化蛋白，具有110，976个泛素化位点。mUbiSiDa还可以提供blast功能，通过blast mUbiSiDa中的存款序列中的查询序列来预测其他物种中的新蛋白质泛素化位点。mUbiSiDa被设计为生物学家和生物医学研究人员广泛使用的工具，具有用户友好的界面，并促进蛋白质泛素化，生物网络和功能蛋白质组学的进一步研究。mUbiSiDa数据库可在http://reprod.njmu.edu.cn/mUbiSiDa上免费获得。
Motivation Protein ubiquitination is one of the important post-translational modifications by attaching ubiquitin to specific lysine (K) residues in target proteins, and plays important regulatory roles in many cell processes. Recent studies indicated that abnormal protein ubiquitination have been implicated in many diseases by degradation of many key regulatory proteins including tumor suppressor, oncoprotein, and cell cycle regulator. The detailed information of protein ubiquitination sites is useful for scientists to investigate the mechanism of many cell activities and related diseases. Results In this study we established mUbiSida for mammalian Ubiquitination Site Database, which provides a scientific community with a comprehensive, freely and high-quality accessible resource of mammalian protein ubiquitination sites. In mUbiSida, we deposited about 35,494 experimentally validated ubiquitinated proteins with 110,976 ubiquitination sites from five species. The mUbiSiDa can also provide blast function to predict novel protein ubiquitination sites in other species by blast the query sequence in the deposit sequences in mUbiSiDa. The mUbiSiDa was designed to be a widely used tool for biologists and biomedical researchers with a user-friendly interface, and facilitate the further research of protein ubiquitination, biological networks and functional proteomics. The mUbiSiDa database is freely available at http://reprod.njmu.edu.cn/mUbiSiDa.
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