NanoLocz: Image analysis platform for AFM, high-speed AFM and localization AFM
NanoLocz: Image analysis platform for AFM, high-speed AFM and localization AFM
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NanoLocz：AFM、高速 AFM 和定位 AFM 的图像分析平台
DOI：
10.1101/2023.11.23.568405
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Heath G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heath G
原子力显微镜（AFM）、高速AFM（HS-AFM）模拟AFM和局域化AFM（LAFM）使分子和表面的研究具有越来越高的时空分辨率。然而，对由这些技术产生的图像和电影的有效和快速分析可能是具有挑战性的，通常需要使用多个图像处理软件应用程序和脚本。在这里，NanoLocz是一个开源解决方案，为AFM社区提供高级分析功能。AFM分析工具的集成和持续开发对于改善数据访问、提高吞吐量和开辟新的分析机会至关重要。NanoLocz有效地利用了AFM提供的丰富数据，将现有的和新开发的AFM、HS‐AFM、模拟AFM和LAFM分析方法无缝地结合起来。它促进和简化了AFM分析工作流程，从原始数据的导入到各种分析工作流程。在这里，该研究展示了NanoLocz的功能及其支持的新方法，包括单分子LAFM，时间分辨LAFM和模拟LAFM。
Atomic Force Microscopy (AFM), High‐Speed AFM (HS‐AFM) simulation AFM, and Localization AFM (LAFM) enable the study of molecules and surfaces with increasingly higher spatiotemporal resolution. However, effective and rapid analysis of the images and movies produced by these techniques can be challenging, often requiring the use of multiple image processing software applications and scripts. Here, NanoLocz, an open‐source solution that offers advanced analysis capabilities for the AFM community, is presented. Integration and continued development of AFM analysis tools is essential to improve access to data, increase throughput, and open new analysis opportunities. NanoLocz efficiently leverages the rich data AFM has to offer by incorporating and combining existing and newly developed analysis methods for AFM, HS‐AFM, simulation AFM, and LAFM seamlessly. It facilitates and streamlines AFM analysis workflows from import of raw data, through to various analysis workflows. Here, the study demonstrates the capabilities of NanoLocz and the new methods it enables including single‐molecule LAFM, time‐resolved LAFM, and simulation LAFM.
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影响因子：
4.3
作者：
Amyot R;Marchesi A;Franz CM;Casuso I;Flechsig H
通讯作者：
Flechsig H
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作者：
Schnitzbauer, Joerg;Strauss, Maximilian T.;Jungmann, Ralf
通讯作者：
Jungmann, Ralf
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DOI：
10.1101/2020.07.24.219188
发表时间：
2020
期刊：
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影响因子：
--
作者：
J. Ries
通讯作者：
J. Ries
Trace_y：通过三维接触点重建原子力显微镜对单个螺旋丝进行结构分析的软件算法
DOI：
10.1101/2023.07.05.547812
发表时间：
2023
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bioRxiv
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--
作者：
Wei
通讯作者：
Wei
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作者：
Heath GR;Kots E;Robertson JL;Lansky S;Khelashvili G;Weinstein H;Scheuring S
通讯作者：
Scheuring S