FUSIM: a software tool for simulating fusion transcripts.
FUSIM: a software tool for simulating fusion transcripts.
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DOI：
10.1186/1471-2105-14-13
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发表时间：
2013-01-16
影响因子：
3
通讯作者：
Liu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bruno AE;Miecznikowski JC;Qin M;Wang J;Liu S
基因融合是染色体畸变的结果，并编码在癌症发生中起重要作用的嵌合RNA（融合转录物）。高通量转录组测序的最新进展已经产生了用于新融合发现的计算方法。模拟融合转录本的能力对于测试和改进这些工具至关重要。为了促进这一需求，我们开发了FUSIM（融合模拟器），一个软件工具，用于模拟融合转录。支持已知产生融合基因及其所得嵌合蛋白的事件的模拟，包括染色体间易位、反式剪接、复杂染色体重排和转录通读事件。FUSIM提供了组装融合转录物数据集的能力，可用于融合基因发现中的测试和基准测试应用。
Gene fusions are the result of chromosomal aberrations and encode chimeric RNA (fusion transcripts) that play an important role in cancer genesis. Recent advances in high throughput transcriptome sequencing have given rise to computational methods for new fusion discovery. The ability to simulate fusion transcripts is essential for testing and improving those tools. To facilitate this need, we developed FUSIM (FUsion SIMulator), a software tool for simulating fusion transcripts. The simulation of events known to create fusion genes and their resulting chimeric proteins is supported, including inter-chromosome translocation, trans-splicing, complex chromosomal rearrangements, and transcriptional read through events. FUSIM provides the ability to assemble a dataset of fusion transcripts useful for testing and benchmarking applications in fusion gene discovery.
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影响因子：
14.9
作者：
Kim P;Yoon S;Kim N;Lee S;Ko M;Lee H;Kang H;Kim J;Lee S
通讯作者：
Lee S
影响因子：
14.9
作者：
Asmann YW;Hossain A;Necela BM;Middha S;Kalari KR;Sun Z;Chai HS;Williamson DW;Radisky D;Schroth GP;Kocher JP;Perez EA;Thompson EA
通讯作者：
Thompson EA
影响因子：
56.9
作者：
Tomlins, SA;Rhodes, DR;Chinnaiyan, AM
通讯作者：
Chinnaiyan, AM
影响因子：
5.8
作者：
Huang, Weichun;Li, Leping;Marth, Gabor T.
通讯作者：
Marth, Gabor T.
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ