Enriching plant microbiota for a metagenomic library construction.
Enriching plant microbiota for a metagenomic library construction.
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丰富植物微生物群以构建宏基因组库。
DOI：
10.1111/j.1462-2920.2008.01689.x
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发表时间：
2008-10
影响因子：
5.1
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
与土壤和海洋相比，植物微生物群(与植物组织有任何联系的微生物)代表着一个相当未被探索的元基因组研究领域。构建植物微生物区系的元基因组文库在技术上具有挑战性。使用所有的生物量而不进行预富集可能会导致大量寄主植物DNA在元基因组文库中，无疑会抹去微生物的贡献。因此，第一步也是最重要的一步是从植物组织中富含组成微生物。在这里，通过将十二烷基硫酸钠(十二烷基硫酸钠)与氯化钠偶联，创建了一个以微生物为主的元基因组文库，其中包含88%的细菌插入，从而实现了对植物微生物区系的强烈浓缩。16S rDNA序列分析表明，富集菌的后基因组DNA来源于非常不同的微生物。从7个不同的细菌门中鉴定出至少74种不同的核糖体类型(97%的阈值)，主要分布在放线杆菌和变形杆菌中。此外，还开发了一种简化版本的扩增核糖体DNA限制分析(ARDRA)，用于快速有效地评估扩增过程。这项工作进一步揭示了植物微生物区系的巨大生物技术潜力，为通过元基因组策略发现药物提供了更多的潜力，并为从植物微生物区系中恢复和生化鉴定功能基因库铺平了道路。
Plant microbiota (the microorganisms that live in any associations with plant tissues) represents a rather unexplored area of metagenomic research compared with soils and oceans. Constructing a metagenomic library for plant microbiota is technically challenging. Using all the biomass without pre-enrichment could lead to vast proportions of the host plant DNA in the metagenomic library, doubtless obliterating the microbial contribution. Therefore, the first and essential step is to enrich for the constituent microorganisms from plant tissues. Here, a strong enrichment for plant microbiota was achieved by coupling SDS (sodium dodecyl sulfate) with NaCl, creating a predominantly microbial metagenomic library that contains 88% bacterial inserts. 16S rDNA sequence analysis revealed that the metagenomic DNA of enrichments originates from very diverse microorganisms. At least 74 distinct ribotypes (at a 97% threshold) from seven different bacterial phyla were identified and mainly distributed among Actinobacteria and Proteobacteria. Additionally, a simplified version of Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA) was developed for a quick and efficient assessment of the enriching procedures. This work opens further insight into the great biotechnical potential of plant microbiota, holding more potential for drug discovery through a metagenomic strategy, and paving the way for recovery and biochemical characterization of functional gene repertoire from plant microbiota.
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影响因子：
14.9
作者：
Tatusov, RL;Natale, DA;Koonin, EV
通讯作者：
Koonin, EV
DOI：
--
发表时间：
2000
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
T. Kieser
通讯作者：
T. Kieser
影响因子：
4.4
作者：
Schirmer, A;Gadkari, R;Hutchinson, CR
通讯作者：
Hutchinson, CR
DOI：
10.1002/j.1460-2075.1993.tb05687.x
发表时间：
1993-02
期刊：
The EMBO Journal
影响因子：
--
作者：
Naoki Sato;C. Albrieux;J. Joyard;Roland Douce;Tsuneyoshi Kuroiwa
通讯作者：
Naoki Sato;C. Albrieux;J. Joyard;Roland Douce;Tsuneyoshi Kuroiwa
影响因子：
5.1
作者：
Ferrer, M;Golyshina, OV;Golyshin, PN
通讯作者：
Golyshin, PN