Decoupling epigenetic and genetic effects through systematic analysis of gene position.
Decoupling epigenetic and genetic effects through systematic analysis of gene position.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2012.12.003
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发表时间：
2013-01-31
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Ideker T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen M;Licon K;Otsuka R;Pillus L;Ideker T
经典的“位置效应”实验重新定位端粒附近的基因，以证明表观遗传景观可以显着改变基因表达。在这里，我们表明，系统的基因敲除集合提供了一个特殊的资源，询问位置的影响，不仅在端粒附近，但在每一个单一的遗传位点。由于单个报告基因取代每个缺失的基因，因此询问该报告基因提供了进入不同染色质环境的灵敏探针，同时控制遗传背景。使用这种方法，我们发现，而更换酵母基因与kanMX标记不扰乱染色质景观，染色质差异与基因位置占kanMX活性的35%以上。我们观察到不同的染色质的影响，包括Set 2/Rpd 3介导的组蛋白H3赖氨酸36三甲基化和Rap 1转录激活位点在kanMX之间的拮抗相互作用。这些发现表明，染色质的调控不是由一个统一的“组蛋白密码”，而是由染色质和遗传因子之间的特定相互作用。
Classic ‘position-effect’ experiments repositioned genes near telomeres to demonstrate that the epigenetic landscape can dramatically alter gene expression. Here we show that systematic gene knockout collections provide an exceptional resource for interrogating position effects, not only near telomeres but at every single genetic locus. Because a single reporter gene replaces each deleted gene, interrogating this reporter provides a sensitive probe into different chromatin environments while controlling for genetic context. Using this approach we find that, whereas replacement of yeast genes with the kanMX marker does not perturb the chromatin landscape, chromatin differences associated with gene position account for over 35% of kanMX activity. We observe distinct chromatin influences, including a Set2/Rpd3-mediated antagonistic interaction between histone H3 lysine 36 trimethylation and the Rap1 transcriptional activation site in kanMX. These findings demonstrate that chromatin regulation is not governed by a uniform ‘histone code’, but by specific interactions between chromatin and genetic factors.
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