Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library.
Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library.
复制标题
使用配对引导 RNA CRISPR-Cas9 文库对人类长非编码 RNA 进行基因组规模删除筛选。
DOI：
10.1038/nbt.3715
复制
发表时间：
2016-12
影响因子：
46.9
通讯作者：
Wei W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu S;Li W;Liu J;Chen CH;Liao Q;Xu P;Xu H;Xiao T;Cao Z;Peng J;Yuan P;Brown M;Liu XS;Wei W
CRISPR/Cas9筛选已被广泛用于分析编码基因功能，但使用该方法高通量筛选非编码元件更具挑战性，因为非编码区中由单一切割引起的indel不太可能产生功能性敲除。需要产生非编码DNA缺失的高通量方法。在此，我们报告了一种高通量基因组删除策略，以筛选功能性长非编码RNA（lncRNA），该策略基于慢病毒配对引导RNA（pgRNA）文库。应用我们的筛选方法，我们鉴定了51种可以正向或负向调节人类癌细胞生长的lncRNA。我们使用CRISPR/Cas9介导的基因组缺失和功能拯救、CRISPR激活或抑制以及基因表达谱分析单独验证了9种lncRNA。我们的高通量pgRNA基因组缺失方法应该能够快速鉴定功能性哺乳动物非编码元件。
CRISPR/Cas9 screens have been widely adopted to analyse coding gene functions, but high throughput screening of non-coding elements using this method is more challenging, because indels caused by a single cut in non-coding regions are unlikely to produce a functional knockout. A high-throughput method to produce deletions of non-coding DNA is needed. Herein, we report a high throughput genomic deletion strategy to screen for functional long non-coding RNAs (lncRNAs) that is based on a lentiviral paired-guide RNA (pgRNA) library. Applying our screening method, we identified 51 lncRNAs that can positively or negatively regulate human cancer cell growth. We individually validated 9 lncRNAs using CRISPR/Cas9-mediated genomic deletion and functional rescue, CRISPR activation or inhibition, and gene expression profiling. Our high-throughput pgRNA genome deletion method should enable rapid identification of functional mammalian non-coding elements.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
64.5
作者：
Hatziapostolou M;Polytarchou C;Aggelidou E;Drakaki A;Poultsides GA;Jaeger SA;Ogata H;Karin M;Struhl K;Hadzopoulou-Cladaras M;Iliopoulos D
通讯作者：
Iliopoulos D
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--