Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology.
Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology.
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DOI：
10.1038/nrg3788
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发表时间：
2014-11
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文献类型：
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下一代测序（NGS）技术已经以多种方式用于通过鉴定被转录因子结合、被核小体占据、可接近核酸酶切割或与远程基因组基因座物理相互作用的基因组基因座来研究染色质生物学的方面。然而，从此类NGS富集概况中得出合理的生物学结论需要考虑许多潜在的偏差。在这篇综述中，我们讨论了偏见可能被引入NGS染色质分析数据的常见方式，这些偏见可以被诊断的方式，以及减轻其影响的分析技术。
Next generation sequencing (NGS) technologies have been used in diverse ways to investigate facets of chromatin biology by identifying genomic loci that are bound by transcription factors, occupied by nucleosomes, accessible to nuclease cleavage, or physically interact with remote genomic loci. Reaching sound biological conclusions from such NGS enrichment profiles, however, requires that many potential biases be taken into account. In this Review we discuss common ways in which bias may be introduced into NGS chromatin profiling data, ways in which these biases can be diagnosed, and analytical techniques to mitigate their effect.
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影响因子：
4.3
作者：
Chung D;Park D;Myers K;Grass J;Kiley P;Landick R;Keleş S
通讯作者：
Keleş S
影响因子：
30.8
作者：
Alkan, Can;Kidd, Jeffrey M.;Marques-Bonet, Tomas;Aksay, Gozde;Antonacci, Francesca;Hormozdiari, Fereydoun;Kitzman, Jacob O.;Baker, Carl;Malig, Maika;Mutlu, Onur;Sahinalp, S. Cenk;Gibbs, Richard A.;Eichler, Evan E.
通讯作者：
Eichler, Evan E.
影响因子：
12.3
作者：
Day DS;Luquette LJ;Park PJ;Kharchenko PV
通讯作者：
Kharchenko PV
影响因子：
3.7
作者：
Derrien T;Estellé J;Marco Sola S;Knowles DG;Raineri E;Guigó R;Ribeca P
通讯作者：
Ribeca P
影响因子：
7
作者：
Dostie, Josee;Richmond, Todd A.;Dekker, Job
通讯作者：
Dekker, Job