Estimating enrichment of repetitive elements from high-throughput sequence data.
Estimating enrichment of repetitive elements from high-throughput sequence data.
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-6-r69
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Kharchenko PV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Day DS;Luquette LJ;Park PJ;Kharchenko PV
我们描述了从短读测序数据中分析重复元件的计算方法，并将其应用于研究人类和小鼠细胞中与重复元件相关的组蛋白修饰。我们的研究结果表明，虽然可以获得准确的富集估计为个别重复类型和小套重复实例，有不同的组合模式的染色质标记与主要注释的重复家族，包括H3 K27 me 3/H3 K9 me 3内源性逆转录病毒元件类之间的差异。
We describe computational methods for analysis of repetitive elements from short-read sequencing data, and apply them to study histone modifications associated with the repetitive elements in human and mouse cells. Our results demonstrate that while accurate enrichment estimates can be obtained for individual repeat types and small sets of repeat instances, there are distinct combinatorial patterns of chromatin marks associated with major annotated repeat families, including H3K27me3/H3K9me3 differences among the endogenous retroviral element classes.
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影响因子：
46.9
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
通讯作者：
Wong, Wing H.
影响因子：
1.7
作者：
Jurka, J;Kapitonov, VV;Walichiewicz, J
通讯作者：
Walichiewicz, J
影响因子：
4.4
作者：
Colmegna, Ines;Garry, Robert F.
通讯作者：
Garry, Robert F.
影响因子：
5.3
作者：
Liang, GG;Chan, MF;Jones, PA
通讯作者：
Jones, PA
影响因子：
11.4
作者：
Martens, JHA;O'Sullivan, RJ;Jenuwein, T
通讯作者：
Jenuwein, T