Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo.
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo.
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DOI：
10.1126/science.aar4362
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发表时间：
2018-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Klein AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wagner DE;Weinreb C;Collins ZM;Briggs JA;Megason SG;Klein AM
从单细胞数据中绘制细胞分化层次的高通量图谱有望促进对脊椎动物发育和疾病的系统研究。在这里，我们对斑马鱼胚胎发育第一天的超过 92,000 个细胞进行了单细胞 RNA 测序。使用基于图的方法，我们绘制了描述轴模式、胚层形成和器官发生的细胞状态图谱。我们通过开发基于转座子的条形码方法（“TracerSeq”）来重建单细胞谱系历史，测试了克隆相关细胞如何穿越这一景观。克隆相关的细胞常常受到国家环境的限制，包括两个独立的谱系因相似的命运而汇聚的情况。在缺乏脊索蛋白的胚胎中，细胞命运仍然受到这种情况的限制。我们提供基于网络的资源以进一步分析单细胞数据。
High-throughput mapping of cellular differentiation hierarchies from single-cell data promises to empower systematic interrogations of vertebrate development and disease. Here, we applied single-cell RNA sequencing to >92,000 cells from zebrafish embryos during the first day of development. Using a graph-based approach, we mapped a cell state landscape that describes axis patterning, germ layer formation, and organogenesis. We tested how clonally related cells traverse this landscape by developing a transposon-based barcoding approach (“TracerSeq”) for reconstructing single-cell lineage histories. Clonally related cells were often restricted by the state landscape, including a case in which two independent lineages converge on similar fates. Cell fates remained restricted to this landscape in chordin-deficient embryos. We provide web-based resources for further analysis of the single-cell data.
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影响因子：
14.8
作者：
Mazutis, Linas;Gilbert, John;Ung, W. Lloyd;Weitz, David A.;Griffiths, Andrew D.;Heyman, John A.
通讯作者：
Heyman, John A.
影响因子：
48
作者：
Gibson, Daniel G.;Young, Lei;Smith, Hamilton O.
通讯作者：
Smith, Hamilton O.
DOI：
10.1126/science.aaf7907
发表时间：
2016-07-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
McKenna A;Findlay GM;Gagnon JA;Horwitz MS;Schier AF;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
影响因子：
64.5
作者：
SASAI, Y;LU, B;DEROBERTIS, EM
通讯作者：
DEROBERTIS, EM
影响因子：
64.5
作者：
Piccolo, S;Sasai, Y;DeRobertis, EM
通讯作者：
DeRobertis, EM