BioModels: expanding horizons to include more modelling approaches and formats.
BioModels: expanding horizons to include more modelling approaches and formats.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1023
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hermjakob H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Glont M;Nguyen TVN;Graesslin M;Hälke R;Ali R;Schramm J;Wimalaratne SM;Kothamachu VB;Rodriguez N;Swat MJ;Eils J;Eils R;Laibe C;Malik-Sheriff RS;Chelliah V;Le Novère N;Hermjakob H
生物模型是代表生物过程的数学模型的中心存储库。它提供了一个平台，使数学模型可以在系统建模社区之间轻松共享，从而支持模型重用。为了便于托管来自不同建模方法和工具的更广泛的模型格式，已经开发了一个新的生物模型基础设施，可在http://www.ebi.ac.uk/biomodels上获得。这个新系统允许提交和共享广泛的模型，并改进了对除SBML以外的格式的支持。它还提供了一个支持版本控制的环境，在这个环境中，作者和管理员可以协同工作来管理模型。本文总结了当前系统中可用的特性，并讨论了与以前的系统相比，它们为用户提供的潜在好处。总之，新的门户扩大了biommodels接受的模型范围，并支持协作模型管理，这对模型的可重复性和共享至关重要。
BioModels serves as a central repository of mathematical models representing biological processes. It offers a platform to make mathematical models easily shareable across the systems modelling community, thereby supporting model reuse. To facilitate hosting a broader range of model formats derived from diverse modelling approaches and tools, a new infrastructure for BioModels has been developed that is available at http://www.ebi.ac.uk/biomodels. This new system allows submitting and sharing of a wide range of models with improved support for formats other than SBML. It also offers a version-control backed environment in which authors and curators can work collaboratively to curate models. This article summarises the features available in the current system and discusses the potential benefit they offer to the users over the previous system. In summary, the new portal broadens the scope of models accepted in BioModels and supports collaborative model curation which is crucial for model reproducibility and sharing.
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影响因子：
--
作者：
Büchel F;Rodriguez N;Swainston N;Wrzodek C;Czauderna T;Keller R;Mittag F;Schubert M;Glont M;Golebiewski M;van Iersel M;Keating S;Rall M;Wybrow M;Hermjakob H;Hucka M;Kell DB;Müller W;Mendes P;Zell A;Chaouiya C;Saez-Rodriguez J;Schreiber F;Laibe C;Dräger A;Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N
影响因子：
3
作者：
Bergmann FT;Adams R;Moodie S;Cooper J;Glont M;Golebiewski M;Hucka M;Laibe C;Miller AK;Nickerson DP;Olivier BG;Rodriguez N;Sauro HM;Scharm M;Soiland-Reyes S;Waltemath D;Yvon F;Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N
DOI：
10.1016/j.pbiomolbio.2004.01.004
发表时间：
2004-06-01
影响因子：
3.8
作者：
Lloyd, CM;Halstead, MDB;Nielsen, PF
通讯作者：
Nielsen, PF
影响因子：
9.5
作者：
Li, Chen;Courtot, Melanie;Laibe, Camille
通讯作者：
Laibe, Camille
影响因子：
14.9
作者：
Juty N;Le Novère N;Laibe C
通讯作者：
Laibe C