MASCOT: parameter and state inference under the marginal structured coalescent approximation.
MASCOT: parameter and state inference under the marginal structured coalescent approximation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty406
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发表时间：
2018-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stadler T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Müller NF;Rasmussen D;Stadler T
结构性聚结被广泛应用于从遗传序列数据研究亚居群内的人口统计和亚居群间的迁移。目前的方法要么是精确的，但计算效率太低，无法分析具有许多子群体的大型数据集，要么是很强的近似，导致推理中的严重偏差。我们最近引入了一种基于较弱假设的近似结构化聚结，使分析具有许多不同状态的较大数据集成为可能。我们表明，我们的近似在很宽的参数范围内提供了无偏的迁移率和人口规模估计。我们扩展这种方法，提供了一种新的算法来计算概率的内部节点，包括从完整的系统发育树的信息的状态。我们表明，该算法是能够增加归因于一个节点的真正的子种群的概率。此外，我们使用改进的集成技术，使我们的方法现在能够分析更大的数据集，包括H3N2数据集与433个序列从五个不同的位置采样。所提出的方法是BEAST 2包MASCOT的一部分，结构化COalescenT的边缘近似。该软件包可以通过BEAUti软件包管理器下载。源代码可在https://github.com/nicfel/Mascot.git上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
The structured coalescent is widely applied to study demography within and migration between sub-populations from genetic sequence data. Current methods are either exact but too computationally inefficient to analyse large datasets with many sub-populations, or make strong approximations leading to severe biases in inference. We recently introduced an approximation based on weaker assumptions to the structured coalescent enabling the analysis of larger datasets with many different states. We showed that our approximation provides unbiased migration rate and population size estimates across a wide parameter range. We extend this approach by providing a new algorithm to calculate the probability of the state of internal nodes that includes the information from the full phylogenetic tree. We show that this algorithm is able to increase the probability attributed to the true sub-population of a node. Furthermore we use improved integration techniques, such that our method is now able to analyse larger datasets, including a H3N2 dataset with 433 sequences sampled from five different locations. The presented methods are part of the BEAST2 package MASCOT, the Marginal Approximation of the Structured COalescenT. This package can be downloaded via the BEAUti package manager. The source code is available at https://github.com/nicfel/Mascot.git. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu201
发表时间：
2014-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Vaughan TG;Kühnert D;Popinga A;Welch D;Drummond AJ
通讯作者：
Drummond AJ
DOI：
10.1098/rstb.2008.0176
发表时间：
2008-12-27
影响因子：
6.3
作者：
Minin, Vladimir N.;Suchard, Marc A.
通讯作者：
Suchard, Marc A.
影响因子：
6.6
作者：
Revell, Liam J.
通讯作者：
Revell, Liam J.
影响因子：
56.9
作者：
Russell, Colin A.;Jones, Terry C.;Smith, Derek J.
通讯作者：
Smith, Derek J.
影响因子：
4.3
作者：
Lemey P;Rambaut A;Drummond AJ;Suchard MA
通讯作者：
Suchard MA