Autoantigen discovery with a synthetic human peptidome.
Autoantigen discovery with a synthetic human peptidome.
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DOI：
10.1038/nbt.1856
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发表时间：
2011-05-22
影响因子：
46.9
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中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在这项研究中，我们通过创建完整的人类蛋白质组，T7“肽组”噬菌体展示文库（T7-Pep）的合成表示，并使用它来分析个体患者的自身抗体库，从而改进了当前的自身抗原发现方法。我们提供了用于1）设计和克隆用于在噬菌体上展示的DNA微阵列衍生的编码肽的寡核苷酸的大文库，和2）使用高通量DNA测序分析肽文库的方法。我们应用噬菌体免疫沉淀测序（PhIP-Seq），以确定已知的和新的自身抗体包含在脊髓液中的3例副肿瘤性神经综合征。我们还展示了我们的方法如何更普遍地用于识别肽-蛋白质相互作用，并指出了这种技术在未来将进一步发展的方式。我们设想PhIP-Seq可以成为自身抗体分析以及一般蛋白质组学研究的重要新工具。
In this study, we improve on current autoantigen discovery approaches by creating a synthetic representation of the complete human proteome, the T7 “peptidome” phage display library (T7-Pep), and use it to profile the autoantibody repertoires of individual patients. We provide methods for 1) designing and cloning large libraries of DNA microarray-derived oligonucleotides encoding peptides for display on bacteriophage, and 2) analysis of the peptide libraries using high throughput DNA sequencing. We applied phage immunoprecipitation sequencing (PhIP-Seq) to identify both known and novel autoantibodies contained in the spinal fluid of three patients with paraneoplastic neurological syndromes. We also show how our approach can be used more generally to identify peptide-protein interactions and point toward ways in which this technology will be further developed in the future. We envision that PhIP-Seq can become an important new tool in autoantibody analysis, as well as proteomic research in general.
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影响因子：
14.9
作者：
Almeida LG;Sakabe NJ;deOliveira AR;Silva MC;Mundstein AS;Cohen T;Chen YT;Chua R;Gurung S;Gnjatic S;Jungbluth AA;Caballero OL;Bairoch A;Kiesler E;White SL;Simpson AJ;Old LJ;Camargo AA;Vasconcelos AT
通讯作者：
Vasconcelos AT
影响因子：
56.9
作者：
Graham, Andrea L.;Hayward, Adam D.;Nussey, Daniel H.
通讯作者：
Nussey, Daniel H.
影响因子：
4.7
作者：
Papachroni KK;Ninkina N;Papapanagiotou A;Hadjigeorgiou GM;Xiromerisiou G;Papadimitriou A;Kalofoutis A;Buchman VL
通讯作者：
Buchman VL
影响因子：
3.9
作者：
Musunuru, Kiran;Kesari, Santosh
通讯作者：
Kesari, Santosh
影响因子：
5.6
作者：
JIN, L;FENDLY, BM;WELLS, JA
通讯作者：
WELLS, JA