Computational design of a protein-based enzyme inhibitor.
Computational design of a protein-based enzyme inhibitor.
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DOI：
10.1016/j.jmb.2013.06.035
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发表时间：
2013-09-23
影响因子：
5.6
通讯作者：
Baker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Procko E;Hedman R;Hamilton K;Seetharaman J;Fleishman SJ;Su M;Aramini J;Kornhaber G;Hunt JF;Tong L;Montelione GT;Baker D
尽管在设计蛋白质-蛋白质相互作用方面已经取得了相当大的进展，但结合极性表面的蛋白质的设计仍然是一个尚未解决的挑战。我们描述了一种蛋白质的计算设计，该蛋白质结合鸡蛋溶菌酶的酸性活性位点并抑制该酶。设计过程从两个深入酶活性位点的极性氨基酸开始，确定支持这些残基并在形状上与溶菌酶活性位点区域互补的蛋白质支架，最后优化周围的接触表面以实现高亲和力结合。亲和力成熟后，使用该方法设计的蛋白质以低纳摩尔亲和力结合溶菌酶，并且核磁共振研究、晶体学和敲除诱变的结合证实了设计的结合表面和方向。通过选择和深度测序进行的饱和诱变表明，特定设计的相互作用远远超出中心移植的极性残基，对于高亲和力结合至关重要。
While there has been considerable progress in designing protein-protein interactions, the design of proteins that bind polar surfaces is an unmet challenge. We describe the computational design of a protein that binds the acidic active site of hen egg lysozyme and inhibits the enzyme. The design process starts with two polar amino acids that fit deep into the enzyme active site, identifies a protein scaffold that supports these residues and is complementary in shape to the lysozyme active site region, and finally optimizes the surrounding contact surface for high affinity binding. Following affinity maturation, a protein designed using this method bound lysozyme with low nanomolar affinity, and a combination of NMR studies, crystallography and knockout mutagenesis confirmed the designed binding surface and orientation. Saturation mutagenesis with selection and deep sequencing demonstrated that specific designed interactions extending well beyond the centrally grafted polar residues are critical for high affinity binding.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.6
作者：
Fleishman, Sarel J.;Corn, Jacob E.;Strauch, Eva-Maria;Whitehead, Timothy A.;Karanicolas, John;Baker, David
通讯作者：
Baker, David
DOI：
10.1073/pnas.1112595109
发表时间：
2012-05-08
影响因子：
11.1
作者：
Lanci, Christopher J.;MacDermaid, Christopher M.;Saven, Jeffery G.
通讯作者：
Saven, Jeffery G.
影响因子：
64.8
作者：
BLAKE, CCF;KOENIG, DF;SARMA, VR
通讯作者：
SARMA, VR
DOI：
10.1126/science.1219364
发表时间：
2012-06-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
King NP;Sheffler W;Sawaya MR;Vollmar BS;Sumida JP;André I;Gonen T;Yeates TO;Baker D
通讯作者：
Baker D