Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.
Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-298
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发表时间：
2005-12-12
影响因子：
3
通讯作者：
Sonnhammer EL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lassmann T;Sonnhammer EL
多种蛋白质序列的比对是生物数据分析的基本步骤。传统上，它用于分析蛋白质家族的保守基序，系统发育，结构特性，并提高同源性搜索的灵敏度。完整基因组序列的可用性增加了对多个序列比对（MSA）程序的需求。当前的MSA方法遭受过于不准确或过于计算的昂贵，无法在大规模比较基因组学中有效应用。
我们开发了Kalign，这是一种采用Wu-Manber串联匹配算法的方法，以提高多个序列比对的准确性和速度。我们将Kalign的速度和准确性与使用Balibase，Prefab和新的大型测试集的其他流行方法进行了比较。 Kalign与小对齐的其他最佳方法一样准确，但是在对齐较大且相关的序列集时，卡尔尼格（Kalign）的准确性更高。在我们的比较中，Kalign的速度比Clustalw快10倍，并且根据对齐的大小，比流行的迭代方法快50倍。
Kalign是一种快速稳健的比对方法。它特别适合对齐大量序列的日益重要的任务。
The alignment of multiple protein sequences is a fundamental step in the analysis of biological data. It has traditionally been applied to analyzing protein families for conserved motifs, phylogeny, structural properties, and to improve sensitivity in homology searching. The availability of complete genome sequences has increased the demands on multiple sequence alignment (MSA) programs. Current MSA methods suffer from being either too inaccurate or too computationally expensive to be applied effectively in large-scale comparative genomics. We developed Kalign, a method employing the Wu-Manber string-matching algorithm, to improve both the accuracy and speed of multiple sequence alignment. We compared the speed and accuracy of Kalign to other popular methods using Balibase, Prefab, and a new large test set. Kalign was as accurate as the best other methods on small alignments, but significantly more accurate when aligning large and distantly related sets of sequences. In our comparisons, Kalign was about 10 times faster than ClustalW and, depending on the alignment size, up to 50 times faster than popular iterative methods. Kalign is a fast and robust alignment method. It is especially well suited for the increasingly important task of aligning large numbers of sequences.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.8
作者：
Sjölander, K
通讯作者：
Sjölander, K
影响因子：
10.7
作者：
SAITOU, N;NEI, M
通讯作者：
NEI, M
影响因子：
2.1
作者：
Notredame, C
通讯作者：
Notredame, C
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ