Bringing numerous methods for expression and promoter analysis to a public cloud computing service.
Bringing numerous methods for expression and promoter analysis to a public cloud computing service.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx692
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发表时间：
2018-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wild DL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Polanski K;Gao B;Mason SA;Brown P;Ott S;Denby KJ;Wild DL
每年，大量的新算法被引入到科学界，用于无数的应用，但由于次优的实现和特定的依赖性要求，在不同的研究小组中使用这些算法往往是麻烦的。事实并非如此，因为公共云计算服务可以轻松地在自包含的依赖环境中容纳易于处理的实现，从而使更广泛的公众可以轻松访问这些方法。我们已经采取了14种流行的方法，大多数与表达数据或启动子分析相关，将这些方法开发到一个良好的实现标准，并将工具放置在隔离的Docker容器中，我们将其集成到CyVerse Discovery Environment中，使这些工具作为CyVerse UK项目的一部分易于广泛社区使用。集成的应用程序可以在http：//www.cyverse.org/discovery-environment上找到，而原始代码可以在https://github.com/cyversewarwick上找到，相应的Docker镜像可以在https://hub.docker.com/r/cyversewarwick/上找到。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Every year, a large number of novel algorithms are introduced to the scientific community for a myriad of applications, but using these across different research groups is often troublesome, due to suboptimal implementations and specific dependency requirements. This does not have to be the case, as public cloud computing services can easily house tractable implementations within self-contained dependency environments, making the methods easily accessible to a wider public. We have taken 14 popular methods, the majority related to expression data or promoter analysis, developed these up to a good implementation standard and housed the tools in isolated Docker containers which we integrated into the CyVerse Discovery Environment, making these easily usable for a wide community as part of the CyVerse UK project. The integrated apps can be found at http://www.cyverse.org/discovery-environment, while the raw code is available at https://github.com/cyversewarwick and the corresponding Docker images are housed at https://hub.docker.com/r/cyversewarwick/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv267
发表时间：
2015-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Penfold CA;Millar JB;Wild DL
通讯作者：
Wild DL
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt248
发表时间：
2013-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Brown P;Baxter L;Hickman R;Beynon J;Moore JD;Ott S
通讯作者：
Ott S
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
5.6
作者：
Goff SA;Vaughn M;McKay S;Lyons E;Stapleton AE;Gessler D;Matasci N;Wang L;Hanlon M;Lenards A;Muir A;Merchant N;Lowry S;Mock S;Helmke M;Kubach A;Narro M;Hopkins N;Micklos D;Hilgert U;Gonzales M;Jordan C;Skidmore E;Dooley R;Cazes J;McLay R;Lu Z;Pasternak S;Koesterke L;Piel WH;Grene R;Noutsos C;Gendler K;Feng X;Tang C;Lent M;Kim SJ;Kvilekval K;Manjunath BS;Tannen V;Stamatakis A;Sanderson M;Welch SM;Cranston KA;Soltis P;Soltis D;O'Meara B;Ane C;Brutnell T;Kleibenstein DJ;White JW;Leebens-Mack J;Donoghue MJ;Spalding EP;Vision TJ;Myers CR;Lowenthal D;Enquist BJ;Boyle B;Akoglu A;Andrews G;Ram S;Ware D;Stein L;Stanzione D
通讯作者：
Stanzione D
WIGWAMS：识别在多种生物条件下共同调节的基因模块。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt728
发表时间：
2014-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Polanski K;Rhodes J;Hill C;Zhang P;Jenkins DJ;Kiddle SJ;Jironkin A;Beynon J;Buchanan-Wollaston V;Ott S;Denby KJ
通讯作者：
Denby KJ