MEME-LaB: motif analysis in clusters.
MEME-LaB: motif analysis in clusters.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt248
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发表时间：
2013-07-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ott S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brown P;Baxter L;Hickman R;Beynon J;Moore JD;Ott S
摘要：全基因组表达分析可以产生大量共表达基因簇。尽管有一些工具可以从头开始发现转录因子结合位点，但大多数工具并没有提供一种快速简便的方法来研究大量簇。为了解决这个问题，我们引入了一个名为 MEME-LaB 的网络工具。该工具包装了 MEME（从头开始基序查找器），为用户提供了一个界面，用于输入多个基因簇、检索启动子序列、运行基序查找，然后轻松浏览和压缩结果，从而有助于更好地解释大规模数据集的结果。可用性：MEME-LaB 可免费访问：http://wsbc.warwick.ac.uk/wsbcToolsWebpage/。联系方式：p.e.brown@warwick.ac.uk 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: Genome-wide expression analysis can result in large numbers of clusters of co-expressed genes. Although there are tools for ab initio discovery of transcription factor-binding sites, most do not provide a quick and easy way to study large numbers of clusters. To address this, we introduce a web tool called MEME-LaB. The tool wraps MEME (an ab initio motif finder), providing an interface for users to input multiple gene clusters, retrieve promoter sequences, run motif finding and then easily browse and condense the results, facilitating better interpretation of the results from large-scale datasets. Availability: MEME-LaB is freely accessible at: http://wsbc.warwick.ac.uk/wsbcToolsWebpage/. Contact: p.e.brown@warwick.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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