Stool multi-omics for the study of host-microbe interactions in inflammatory bowel disease.
Stool multi-omics for the study of host-microbe interactions in inflammatory bowel disease.
复制标题
粪便多组学用于研究炎症性肠病中的宿主 - 微生物相互作用。
DOI：
10.1080/19490976.2022.2154092
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发表时间：
2022-01
期刊：
影响因子：
12.2
通讯作者：
Gonzalez, Carlos G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sauceda, Consuelo;Bayne, Charlie;Sudqi, Khadijeh;Gonzalez, Antonio;Dulai, Parambir S.;Knight, Rob;Gonzalez, David J.;Gonzalez, Carlos G.
关键词：
炎症性肠病（IBD）是一种慢性免疫介导的胃肠道炎症性疾病，是一个日益增长的公共负担。肠道微生物及其与宿主的相互作用在疾病的发病机制和进展中起着至关重要的作用。这些相互作用是复杂的，跨越多个生理系统和数据类型，使得全面的疾病评估变得困难，并且通常压倒单一组学能力。基于粪便的多组学是一种很有前途的方法，用于表征宿主-肠道微生物组相互作用，使用16 S rRNA测序、鸟枪宏基因组学、元转录组学、代谢组学和元蛋白质组学等技术的深度整合。通过多组学研究产生的丰富信息有望推动IBD研究和精准医学的发展。这篇综述强调了基于粪便的多组学研究的历史和最新发现，这些研究有助于揭示IBD的复杂性。最后，我们讨论了常见的陷阱，问题和限制，以及未来的管道应该如何解决这些问题，以标准化IBD研究及其他领域的多组学。
Inflammatory Bowel Disease (IBD) is a chronic immune-mediated inflammatory disease of the gastrointestinal tract that is a growing public burden. Gut microbes and their interactions with hosts play a crucial role in disease pathogenesis and progression. These interactions are complex, spanning multiple physiological systems and data types, making comprehensive disease assessment difficult, and often overwhelming single-omic capabilities. Stool-based multi-omics is a promising approach for characterizing host-gut microbiome interactions using deep integration of technologies such as 16S rRNA sequencing, shotgun metagenomics, meta-transcriptomics, metabolomics, and metaproteomics. The wealth of information generated through multi-omic studies is poised to usher in advancements in IBD research and precision medicine. This review highlights historical and recent findings from stool-based muti-omic studies that have contributed to unraveling IBD’s complexity. Finally, we discuss common pitfalls, issues, and limitations, and how future pipelines should address them to standardize multi-omics in IBD research and beyond.
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DOI：
10.1038/s41575-019-0118-x
发表时间：
2019-05
期刊：
Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
影响因子：
--
作者：
Furey TS;Sethupathy P;Sheikh SZ
通讯作者：
Sheikh SZ
影响因子：
4.9
作者：
Fang X;Vázquez-Baeza Y;Elijah E;Vargas F;Ackermann G;Humphrey G;Lau R;Weldon KC;Sanders JG;Panitchpakdi M;Carpenter C;Jarmusch AK;Neill J;Miralles A;Dulai P;Singh S;Tsai M;Swafford AD;Smarr L;Boyle DL;Palsson BO;Chang JT;Dorrestein PC;Sandborn WJ;Knight R;Boland BS
通讯作者：
Boland BS
影响因子：
12.6
作者：
Fritsch, Julia;Garces, Luis;Abreu, Maria T.
通讯作者：
Abreu, Maria T.
影响因子：
65.1
作者：
de Souza, Heitor S. P.;Fiocchi, Claudio;Iliopoulos, Dimitrios
通讯作者：
Iliopoulos, Dimitrios
影响因子：
30.3
作者：
Gevers D;Kugathasan S;Denson LA;Vázquez-Baeza Y;Van Treuren W;Ren B;Schwager E;Knights D;Song SJ;Yassour M;Morgan XC;Kostic AD;Luo C;González A;McDonald D;Haberman Y;Walters T;Baker S;Rosh J;Stephens M;Heyman M;Markowitz J;Baldassano R;Griffiths A;Sylvester F;Mack D;Kim S;Crandall W;Hyams J;Huttenhower C;Knight R;Xavier RJ
通讯作者：
Xavier RJ