A CRISPR knockout screen identifies SETDB1-target retroelement silencing factors in embryonic stem cells.
A CRISPR knockout screen identifies SETDB1-target retroelement silencing factors in embryonic stem cells.
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DOI：
10.1101/gr.227280.117
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发表时间：
2018-06
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Shinkai Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fukuda K;Okuda A;Yusa K;Shinkai Y
在小鼠胚胎干细胞(MESCs)中，前病毒和内源性逆转录因子的表达受到表观遗传的抑制。虽然已经确定了许多与逆转录元件沉默有关的细胞因素，但完整的分子机制仍然不清楚。在这项研究中，我们进行了全基因组CRISPR筛查，以促进我们对mESCs逆转录元件沉默的理解。以小鼠白血病病毒(MLV)为基础的逆转录病毒载体MSCV-GFP作为报告前病毒，我们鉴定了80多个参与这一过程的基因。特别是，ATF7IP和BAF复杂成分与大多数SETDB1靶标的抑制有关。我们鉴定了两个因子MORC2A和RESF1，其中RESF1是一个新的逆转录元件沉默分子。虽然这两个因素都是用来抑制前病毒的，但它们在抑制中的作用是不同的。MORC2A的功能似乎依赖于抑制性表观遗传修饰，而RESF1调节与SETDB1相关的抑制性表观遗传修饰。我们的全基因组CRISPR筛选出了在不同水平上对SETDB1靶标逆转录元件沉默起作用的基因，并为进一步的分子研究提供了有用的资源。
In mouse embryonic stem cells (mESCs), the expression of provirus and endogenous retroelements is epigenetically repressed. Although many cellular factors involved in retroelement silencing have been identified, the complete molecular mechanism remains elusive. In this study, we performed a genome-wide CRISPR screen to advance our understanding of retroelement silencing in mESCs. The Moloney murine leukemia virus (MLV)–based retroviral vector MSCV-GFP, which is repressed by the SETDB1/TRIM28 pathway in mESCs, was used as a reporter provirus, and we identified more than 80 genes involved in this process. In particular, ATF7IP and the BAF complex components are linked with the repression of most of the SETDB1 targets. We characterized two factors, MORC2A and RESF1, of which RESF1 is a novel molecule in retroelement silencing. Although both factors are recruited to repress provirus, their roles in repression are different. MORC2A appears to function dependent on repressive epigenetic modifications, while RESF1 regulates repressive epigenetic modifications associated with SETDB1. Our genome-wide CRISPR screen cataloged genes which function at different levels in silencing of SETDB1-target retroelements and provides a useful resource for further molecular studies.
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影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
影响因子：
4.5
作者：
Maksakova IA;Romanish MT;Gagnier L;Dunn CA;van de Lagemaat LN;Mager DL
通讯作者：
Mager DL
影响因子：
8.8
作者：
Li DQ;Nair SS;Ohshiro K;Kumar A;Nair VS;Pakala SB;Reddy SD;Gajula RP;Eswaran J;Aravind L;Kumar R
通讯作者：
Kumar R
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
全基因组筛选对L1调节剂的选择性沉默对圣体的L1s的选择性沉默。
影响因子：
64.8
作者：
Liu N;Lee CH;Swigut T;Grow E;Gu B;Bassik MC;Wysocka J
通讯作者：
Wysocka J