Genome Detective: an automated system for virus identification from high-throughput sequencing data.
Genome Detective: an automated system for virus identification from high-throughput sequencing data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty695
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发表时间：
2019-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
de Oliveira T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vilsker M;Moosa Y;Nooij S;Fonseca V;Ghysens Y;Dumon K;Pauwels R;Alcantara LC;Vanden Eynden E;Vandamme AM;Deforche K;de Oliveira T
基因组侦探（Genome Detective）是一款易于使用的基于网络的软件应用程序，它能够快速且准确地组装病毒基因组。该应用程序采用一种新颖的比对方法，通过结合氨基酸和核苷酸评分，基于参考序列连接从头组装的重叠群来构建基因组。该软件使用合成数据集进行了优化，以体现病毒基因组的高度多样性。随后，该应用程序利用数百种病毒的下一代测序数据进行了验证。用户所需时间极少，仅限于上传数据所需的时间。
可在线获取：http://www.genomedetective.com/app/typingtool/virus/
补充数据可在《生物信息学》在线获取。
Genome Detective is an easy to use web-based software application that assembles the genomes of viruses quickly and accurately. The application uses a novel alignment method that constructs genomes by reference-based linking of de novo contigs by combining amino-acids and nucleotide scores. The software was optimized using synthetic datasets to represent the great diversity of virus genomes. The application was then validated with next generation sequencing data of hundreds of viruses. User time is minimal and it is limited to the time required to upload the data. Available online: http://www.genomedetective.com/app/typingtool/virus/. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
7
作者：
Naccache SN;Federman S;Veeraraghavan N;Zaharia M;Lee D;Samayoa E;Bouquet J;Greninger AL;Luk KC;Enge B;Wadford DA;Messenger SL;Genrich GL;Pellegrino K;Grard G;Leroy E;Schneider BS;Fair JN;Martínez MA;Isa P;Crump JA;DeRisi JL;Sittler T;Hackett J Jr;Miller S;Chiu CY
通讯作者：
Chiu CY
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
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9.2
作者：
Lin HH;Liao YC
通讯作者：
Liao YC
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx373
发表时间：
2017-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Brown J;Pirrung M;McCue LA
通讯作者：
McCue LA
影响因子：
48
作者：
Buchfink, Benjamin;Xie, Chao;Huson, Daniel H.
通讯作者：
Huson, Daniel H.