Rapid and accurate alignment of nucleotide conversion sequencing reads with HISAT-3N.
Rapid and accurate alignment of nucleotide conversion sequencing reads with HISAT-3N.
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DOI：
10.1101/gr.275193.120
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发表时间：
2021-07
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Kim D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;Park C;Bennett C;Thornton M;Kim D
使用核苷酸转换技术的测序技术，例如亚硫酸氢盐-seq中的胞嘧啶到胸腺嘧啶和SLAM seq中的胸腺嘧啶到胞嘧啶，是探索细胞过程的化学复杂性的有力工具。迄今为止，还没有人开发出一种统一的方法来比对转化的序列并将这些技术的比对整合在一个包中。在本文中，我们描述了层次索引剪接对齐的成绩单-3核苷酸（HISAT-3 N），它可以快速，准确地比对序列组成的任何核苷酸转换，利用强大的层次索引和重复索引算法最初开发的HISAT软件。对真实的和模拟数据集的测试表明，HISAT-3 N比其他现代系统更快，具有更高的对准精度，更高的可扩展性和更小的内存需求。因此，HISAT-3 N在与转换序列技术一起使用时成为理想的比对器。
Sequencing technologies using nucleotide conversion techniques such as cytosine to thymine in bisulfite-seq and thymine to cytosine in SLAM seq are powerful tools to explore the chemical intricacies of cellular processes. To date, no one has developed a unified methodology for aligning converted sequences and consolidating alignment of these technologies in one package. In this paper, we describe hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts–3 nucleotides (HISAT-3N), which can rapidly and accurately align sequences consisting of any nucleotide conversion by leveraging the powerful hierarchical index and repeat index algorithms originally developed for the HISAT software. Tests on real and simulated data sets show that HISAT-3N is faster than other modern systems, with greater alignment accuracy, higher scalability, and smaller memory requirements. HISAT-3N therefore becomes an ideal aligner when used with converted sequence technologies.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1126/science.aao2793
发表时间：
2018-05-18
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Muhar M;Ebert A;Neumann T;Umkehrer C;Jude J;Wieshofer C;Rescheneder P;Lipp JJ;Herzog VA;Reichholf B;Cisneros DA;Hoffmann T;Schlapansky MF;Bhat P;von Haeseler A;Köcher T;Obenauf AC;Popow J;Ameres SL;Zuber J
通讯作者：
Zuber J
影响因子：
3
作者：
Huang, Kevin Yu Yuan;Huang, Yan-Jiun;Chen, Pao-Yang
通讯作者：
Chen, Pao-Yang
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
影响因子：
48
作者：
Mortazavi, Ali;Williams, Brian A.;Wold, Barbara
通讯作者：
Wold, Barbara