Antisense transcription-dependent chromatin signature modulates sense transcription and transcript dynamics
Antisense transcription-dependent chromatin signature modulates sense transcription and transcript dynamics
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反义转录依赖性染色质特征调节有义转录和转录动力学
DOI：
10.1101/187237
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Brown T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brown T
反义转录广泛存在于基因组中。尽管基因大小和结构存在很大差异，但我们发现酵母和人类基因共享一个独特的反义转录相关染色质签名。我们想知道这个标记是否与反义转录的生物学功能有关。使用定量RNA-FISH，我们观察到的反义转录水平的改变，在细胞核和细胞质中的正义转录分布的变化。为了确定这些分布背后的机制差异，我们开发了一个数学框架，描述从启动转录到转录降解。在GAL 1中，高水平的反义转录改变了有义转录动力学，降低了转录物的产生和加工速率，同时增加了转录物的稳定性，这也是一种全基因组关联。通过破坏Set 3C组蛋白脱乙酰酶活性来建立反义转录相关的染色质签名足以类似地改变这些速率，即使在没有反义转录的情况下。因此，反义转录改变有义转录动力学在染色质依赖mathematics.Graphical AbstractIn这项工作中，布朗等。提供了一个机制的理解反义转录的生产和命运的有义转录本的效果。反义转录缓冲基因对抗Set 3赖氨酸脱乙酰酶的作用，从而改变转录产物的产生、加工和稳定性的速率。启动子附近的反义转录依赖性染色质结构保守反义转录改变正义转录动力学和转录稳定性反义转录以染色质依赖性方式发挥功能通过set 3 Δ增加乙酰化模拟高反义转录动力学
Antisense transcription is widespread in genomes. Despite large differences in gene size and architecture, we find that yeast and human genes share a unique, antisense transcription-associated chromatin signature. We asked whether this signature is related to a biological function for antisense transcription. Using quantitative RNA-FISH, we observed changes in sense transcript distributions in nuclei and cytoplasm as antisense transcript levels were altered. To determine the mechanistic differences underlying these distributions, we developed a mathematical framework describing transcription from initiation to transcript degradation. AtGAL1, high levels of antisense transcription alters sense transcription dynamics, reducing rates of transcript production and processing, while increasing transcript stability, which is also a genome-wide association. Establishing the antisense transcription-associated chromatin signature through disruption of the Set3C histone deacetylase activity is sufficient to similarly change these rates even in the absence of antisense transcription. Thus, antisense transcription alters sense transcription dynamics in a chromatin-dependent manner.Graphical AbstractIn this work, Brown et al. provide a mechanistic understanding of the effect of antisense transcription on the production and fate of sense transcripts. Antisense transcription buffers genes against the action of the Set3 lysine deacetylase, thus altering rates of transcript production, processing and stability.Conserved antisense transcription-dependent chromatin architecture near promotersAntisense transcription alters sense transcription dynamics and transcript stabilityAntisense transcription functions in a chromatin-dependent mannerIncreased acetylation byset3Δmimics high antisense transcriptional dynamics
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影响因子：
--
作者：
Zenklusen, Daniel;Singer, Robert H.
通讯作者：
Singer, Robert H.
影响因子：
8.8
作者：
Huber F;Bunina D;Gupta I;Khmelinskii A;Meurer M;Theer P;Steinmetz LM;Knop M
通讯作者：
Knop M
影响因子：
7.7
作者：
Battaglia, Sofia;Lidschriber, Michael;Cramer, Patrick
通讯作者：
Cramer, Patrick
DOI：
10.15698/mic2017.07.580
发表时间：
2017-07-03
期刊：
Microbial cell (Graz, Austria)
影响因子：
--
作者：
Das S;Sarkar D;Das B
通讯作者：
Das B
影响因子：
48
作者：
Schindelin, Johannes;Arganda-Carreras, Ignacio;Frise, Erwin;Kaynig, Verena;Longair, Mark;Pietzsch, Tobias;Preibisch, Stephan;Rueden, Curtis;Saalfeld, Stephan;Schmid, Benjamin;Tinevez, Jean-Yves;White, Daniel James;Hartenstein, Volker;Eliceiri, Kevin;Tomancak, Pavel;Cardona, Albert
通讯作者：
Cardona, Albert