tsRBase: a comprehensive database for expression and function of tsRNAs in multiple species.
tsRBase: a comprehensive database for expression and function of tsRNAs in multiple species.
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tsRBase：多个物种中 tsRNA 表达和功能的综合数据库
DOI：
10.1093/nar/gkaa888
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Peng Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zuo Y;Zhu L;Guo Z;Liu W;Zhang J;Zeng Z;Wu Q;Cheng J;Fu X;Jin Y;Zhao Y;Peng Y
摘要 tRNA 衍生的小 RNA（tsRNA）是一类新型小 RNA，普遍存在于原核生物和真核生物中。据报道，tsRNA 表现出时空表达模式，并且可以在许多生物过程中充当调节分子。目前的tsRNA数据库仅涵盖有限的生物体并且忽略了tsRNA的功能特征。因此，整合更多相关的tsRNA信息有助于进一步探索。在这里，我们提出了一个名为 tsRBase 的 tsRNA 数据库，该数据库整合了多个物种中 tsRNA 的表达模式和功能信息。在 tsRBase 中，我们通过分析涵盖 20 个物种的 14,000 多个公开的小 RNA-seq 数据，鉴定了 121,942 个 tsRNA。该数据库收集了来自不同组织/细胞系、不同处理和遗传背景下的样本，从而有助于描绘不同条件下tsRNA的特定表达模式。重要的是，为了丰富我们对生物学意义的理解，我们从已发表的文献中收集了经过实验验证的 tsRNA，从 CLIP/RIP-seq 数据中获得了蛋白质结合 tsRNA，并从 CLASH 和 CLEAR-CLIP 数据中鉴定了 tsRNA 的靶标。总而言之，tsRBase是最全面、最系统的tsRNA存储库，展示了来自多个物种不同数据源的tsRNA的全包信息。 tsRBase 可从 http://www.tsrbase.org 免费获取。
Abstract tRNA-derived small RNAs (tsRNAs) are a class of novel small RNAs, ubiquitously present in prokaryotes and eukaryotes. It has been reported that tsRNAs exhibit spatiotemporal expression patterns and can function as regulatory molecules in many biological processes. Current tsRNA databases only cover limited organisms and ignore tsRNA functional characteristics. Thus, integrating more relevant tsRNA information is helpful for further exploration. Here, we present a tsRNA database, named tsRBase, which integrates the expression pattern and functional information of tsRNAs in multiple species. In tsRBase, we identified 121 942 tsRNAs by analyzing more than 14 000 publicly available small RNA-seq data covering 20 species. This database collects samples from different tissues/cell-lines, or under different treatments and genetic backgrounds, thus helps depict specific expression patterns of tsRNAs under different conditions. Importantly, to enrich our understanding of biological significance, we collected tsRNAs experimentally validated from published literatures, obtained protein-binding tsRNAs from CLIP/RIP-seq data, and identified targets of tsRNAs from CLASH and CLEAR-CLIP data. Taken together, tsRBase is the most comprehensive and systematic tsRNA repository, exhibiting all-inclusive information of tsRNAs from diverse data sources of multiple species. tsRBase is freely available at http://www.tsrbase.org.
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