Centrifuge: rapid and sensitive classification of metagenomic sequences.
Centrifuge: rapid and sensitive classification of metagenomic sequences.
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DOI：
10.1101/gr.210641.116
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发表时间：
2016-12
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim D;Song L;Breitwieser FP;Salzberg SL
Escherge是一种新型的微生物分类引擎，能够在台式计算机上快速，准确和灵敏地标记读数和定量物种。该系统使用基于Burrows-Wheeler变换（BWT）和Ferragina-Manzini（FM）索引的索引方案，专门针对宏基因组分类问题进行了优化。Escherge需要一个相对较小的索引（4.2 GB用于4078个细菌和200个古细菌基因组），并以非常高的速度对序列进行分类，使其能够在几分钟内处理来自典型高通量DNA测序运行的数百万个读数。总之，这些进步使得能够在传统台式计算机上及时准确地分析大型宏基因组学数据集。由于其空间优化的索引方案，与基于k-mer的索引方案相比，它还可以索引整个NCBI非冗余核苷酸序列数据库（总共1090亿个碱基），索引大小为69 GB，而基于k-mer的索引方案需要更大的空间。
Centrifuge is a novel microbial classification engine that enables rapid, accurate, and sensitive labeling of reads and quantification of species on desktop computers. The system uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (4.2 GB for 4078 bacterial and 200 archaeal genomes) and classifies sequences at very high speed, allowing it to process the millions of reads from a typical high-throughput DNA sequencing run within a few minutes. Together, these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers. Because of its space-optimized indexing schemes, Centrifuge also makes it possible to index the entire NCBI nonredundant nucleotide sequence database (a total of 109 billion bases) with an index size of 69 GB, in contrast to k-mer-based indexing schemes, which require far more extensive space.
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影响因子：
46.9
作者：
Patro, Rob;Mount, Stephen M.;Kingsford, Carl
通讯作者：
Kingsford, Carl
影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1126/science.1259657
发表时间：
2014-09-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gire SK;Goba A;Andersen KG;Sealfon RS;Park DJ;Kanneh L;Jalloh S;Momoh M;Fullah M;Dudas G;Wohl S;Moses LM;Yozwiak NL;Winnicki S;Matranga CB;Malboeuf CM;Qu J;Gladden AD;Schaffner SF;Yang X;Jiang PP;Nekoui M;Colubri A;Coomber MR;Fonnie M;Moigboi A;Gbakie M;Kamara FK;Tucker V;Konuwa E;Saffa S;Sellu J;Jalloh AA;Kovoma A;Koninga J;Mustapha I;Kargbo K;Foday M;Yillah M;Kanneh F;Robert W;Massally JL;Chapman SB;Bochicchio J;Murphy C;Nusbaum C;Young S;Birren BW;Grant DS;Scheiffelin JS;Lander ES;Happi C;Gevao SM;Gnirke A;Rambaut A;Garry RF;Khan SH;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC
影响因子：
--
作者：
Thiel T;Pratte BS;Zhong J;Goodwin L;Copeland A;Lucas S;Han C;Pitluck S;Land ML;Kyrpides NC;Woyke T
通讯作者：
Woyke T