Fully resolved assembly of Fusarium proliferatum DSM106835 genome.
Fully resolved assembly of Fusarium proliferatum DSM106835 genome.
复制标题
DOI：
10.1038/s41597-023-02610-4
复制
发表时间：
2023-10-16
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Abuqamar, Synan F.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Purayil, Gouthaman P.;Almarzooqi, Amal Y.;El-Tarabily, Khaled A.;You, Frank M.;Abuqamar, Synan F.
在阿联酋，突发性衰退综合征(SDS)是由土传真菌增殖镰刀菌(Fusarium Proplatum，FP)DSM106835引起的一种毁灭性的枣树病害。在这里，FP DSM106835的高分辨率基因组组件是使用PacBio HiFi测序和OMNI-C数据生成的，以提供具有418个框架的高质量染色质组织的参考基因组，总长度为58,468,907 BP，N50值为4,383,091 BP，从中预测了15,580个基因和16,321个转录本。该程序集对758个同源基因的BUSCO评分达到99.2%。与其他7株FP菌株相比，FP DSM106835表现出最高的连续性，前10个支架/重叠群的累积大小为44.26 MBP，超过了所有被检测的FP菌株的组装。我们对FP DSM106835高质量基因组的发现为研究其遗传学、生物学和进化史提供了重要的资源。这一研究也有助于填补真菌知识的空白，特别是在植物-病原菌相互作用过程中与致病相关的基因/代谢产物。
In the United Arab Emirates, sudden decline syndrome (SDS) is a destructive disease of date palm caused by the soil-borne fungal pathogen Fusarium proliferatum (Fp) DSM106835. Here, a high-resolution genome assembly of Fp DSM106835 was generated using PacBio HiFi sequencing with Omni-C data to provide a high-quality chromatin-organised reference genome with 418 scaffolds, totalling 58,468,907 bp in length and an N50 value of 4,383,091 bp from which 15,580 genes and 16,321 transcripts were predicted. The assembly achieved a complete BUSCO score of 99.2% for 758 orthologous genes. Compared to seven other Fp strains, Fp DSM106835 exhibited the highest continuity with a cumulative size of 44.26 Mbp for the first ten scaffolds/contigs, surpassing the assemblies of all examined Fp strains. Our findings of the high-quality genome of Fp DSM106835 provide an important resource to investigate its genetics, biology and evolutionary history. This study also contributes to fulfill the gaps in fungal knowledge, particularly the genes/metabolites associated with pathogenicity during the plant-pathogen interaction responsible for SDS.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Cheng H;Concepcion GT;Feng X;Zhang H;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
5.6
作者：
Alwahshi, Khawla J.;Saeed, Esam Eldin;AbuQamar, Synan F.
通讯作者：
AbuQamar, Synan F.
影响因子：
2.6
作者：
Challis, Richard;Richards, Edward;Blaxter, Mark
通讯作者：
Blaxter, Mark
影响因子：
9.3
作者：
Durand NC;Shamim MS;Machol I;Rao SS;Huntley MH;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
影响因子：
3
作者：
Crescente JM;Zavallo D;Helguera M;Vanzetti LS
通讯作者：
Vanzetti LS