Comprehensive transcriptome profiling and functional analysis of the frog (Bombina maxima) immune system.
Comprehensive transcriptome profiling and functional analysis of the frog (Bombina maxima) immune system.
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DOI：
10.1093/dnares/dst035
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发表时间：
2014-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhao F;Yan C;Wang X;Yang Y;Wang G;Lee W;Xiang Y;Zhang Y
两栖动物在脊椎动物和免疫系统进化中占有重要的系统发育地位。但是，其转录组或基因组的资源现在仍然很少。bomina maxima具有较强的生存能力，在非常恶劣的环境中具有较成熟的免疫系统。我们通过rna测序技术获得了一个完整的转录组。14.3%的转录本被鉴定为皮肤特异性基因，其中大部分不是在以往的工作中从皮肤分泌物中分离出来的，或者是新的非编码rna。27.9%的转录本被映射到242个预测的KEGG通路中，6.16%的转录本与人类疾病和癌症相关。在39448个编码序列的转录本中，至少有1501个转录本（570个基因）与免疫系统过程相关。免疫信号通路的分子基本呈现，在皮肤和胃中有几个高表达的转录本。实验表明，脂多糖或细菌刺激刺激促炎细胞因子的产生和促炎caspase-1的激活。这些青蛙的数据可以显著扩展两栖动物现有的基因组或转录组资源，特别是免疫数据。这些数据的实体为进一步研究更详细的B. maxima免疫反应以及与其他两栖动物的比较研究提供了有价值的平台。
Amphibians occupy a key phylogenetic position in vertebrates and evolution of the immune system. But, the resources of its transcriptome or genome are still little now. Bombina maxima possess strong ability to survival in very harsh environment with a more mature immune system. We obtained a comprehensive transcriptome by RNA-sequencing technology. 14.3% of transcripts were identified to be skin-specific genes, most of which were not isolated from skin secretion in previous works or novel non-coding RNAs. 27.9% of transcripts were mapped into 242 predicted KEGG pathways and 6.16% of transcripts related to human disease and cancer. Of 39 448 transcripts with the coding sequence, at least 1501 transcripts (570 genes) related to the immune system process. The molecules of immune signalling pathway were almost presented, several transcripts with high expression in skin and stomach. Experiments showed that lipopolysaccharide or bacteria challenge stimulated pro-inflammatory cytokine production and activation of pro-inflammatory caspase-1. These frog's data can remarkably expand the existing genome or transcriptome resources of amphibians, especially immunity data. The entity of the data provides a valuable platform for further investigation on more detailed immune response in B. maxima and a comparative study with other amphibians.
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DOI：
10.1073/pnas.0601407103
发表时间：
2006-07-11
影响因子：
11.1
作者：
Ohta, Yuko;Flajnik, Martin
通讯作者：
Flajnik, Martin
DOI：
10.1152/ajpregu.00045.2012
发表时间：
2012-11-01
影响因子：
2.8
作者：
Nikolaeva, Svetlana;Bachteeva, Vera;Parnova, Rimma
通讯作者：
Parnova, Rimma
影响因子：
12.3
作者：
Yergeau DA;Mead PE
通讯作者：
Mead PE
DOI：
10.1038/nrg2703
发表时间：
2010-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.8
作者：
Chow, JC;Young, DW;Gusovsky, F
通讯作者：
Gusovsky, F