Characterization of unique small RNA populations from rice grain.
Characterization of unique small RNA populations from rice grain.
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从稻粒中表征独特的小RNA群体。
DOI：
10.1371/journal.pone.0002871
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发表时间：
2008-08-06
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Roberts JK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heisel SE;Zhang Y;Allen E;Guo L;Reynolds TL;Yang X;Kovalic D;Roberts JK
小RNA（约20至24个核苷酸）作为天然存在的分子在植物和动物的发育途径中起关键作用。在这里，我们分析小RNA群体从成熟的水稻籽粒和幼苗焦磷酸测序。使用聚类算法来定位产生小RNA的区域，我们对基因组内产生小RNA的热点进行分类。这里的热点被定义为1 kb的区域，其中小RNA相对于基因组的其余部分显著过量产生。确定热点以便于表征不同类别的小RNA调控元件。在热点中，我们发现了23个miRNA家族的已知成员，代表92个基因，一个反式作用siRNA（ta-siRNA）基因，新的siRNA产生编码基因和阶段性siRNA产生基因。有趣的是，谷物中超过20%的小RNA群体来自单一的折返结构，其产生了8个定相的21-nt siRNA。这让人想起了一种新出现的来自祖先基因复制的miRNA。我们的研究结果提供了识别成熟谷物中不同小RNA群体（包括阶段性小RNA）的数据，以便于表征单子叶植物中小调控RNA的表达。
Small RNAs (∼20 to 24 nucleotides) function as naturally occurring molecules critical in developmental pathways in plants and animals. Here we analyze small RNA populations from mature rice grain and seedlings by pyrosequencing. Using a clustering algorithm to locate regions producing small RNAs, we classified hotspots of small RNA generation within the genome. Hotspots here are defined as 1 kb regions within which small RNAs are significantly overproduced relative to the rest of the genome. Hotspots were identified to facilitate characterization of different categories of small RNA regulatory elements. Included in the hotspots, we found known members of 23 miRNA families representing 92 genes, one trans acting siRNA (ta-siRNA) gene, novel siRNA-generating coding genes and phased siRNA generating genes. Interestingly, over 20% of the small RNA population in grain came from a single foldback structure, which generated eight phased 21-nt siRNAs. This is reminiscent of a newly arising miRNA derived from duplication of progenitor genes. Our results provide data identifying distinct populations of small RNAs, including phased small RNAs, in mature grain to facilitate characterization of small regulatory RNA expression in monocot species.
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影响因子：
3.7
作者：
Fahlgren N;Howell MD;Kasschau KD;Chapman EJ;Sullivan CM;Cumbie JS;Givan SA;Law TF;Grant SR;Dangl JL;Carrington JC
通讯作者：
Carrington JC
影响因子：
11.6
作者：
Llave, C;Kasschau, KD;Carrington, JC
通讯作者：
Carrington, JC
CSRDB：用于谷物的小型RNA集成数据库和浏览器资源。
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14.9
作者：
Johnson, Cameron;Bowman, Lewis;Adai, Alex T;Vance, Vicki;Sundaresan, Venkatesan
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Sundaresan, Venkatesan
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作者：
Henderson, Ian R.;Zhang, Xiaoyu;Jacobsen, Steven E.
通讯作者：
Jacobsen, Steven E.
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作者：
Lu, C;Tej, SS;Green, PJ
通讯作者：
Green, PJ