ChemDistiller: an engine for metabolite annotation in mass spectrometry.
ChemDistiller: an engine for metabolite annotation in mass spectrometry.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty080
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发表时间：
2018-06-15
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高分辨率质谱学可以同时检测生物样品中数千种不同的代谢物；然而，由于科学界可自由获得的量身定制的计算解决方案数量有限，它们的自动注释仍然是一个挑战。在这里，我们介绍ChemDistiller，这是一个可定制的引擎，它结合了使用Tandem MS数据对代谢物进行自动大规模注释的功能，以及一个编译的数据库，其中包含数千万种具有预先计算的“指纹”和碎片模式的化合物。我们使用公共和商业上可用的串联MS光谱对参考化合物进行的测试表明，检索速度与该领域当前最先进的解决方案可获得的检索速度相当或超过，同时提供更高的吞吐量、可扩展性和处理速度。源代码可从https://bitbucket.org/iAnalytica/chemdistillerpython.免费下载补充数据可在生物信息学在线上获得。
High-resolution mass spectrometry permits simultaneous detection of thousands of different metabolites in biological samples; however, their automated annotation still presents a challenge due to the limited number of tailored computational solutions freely available to the scientific community. Here, we introduce ChemDistiller, a customizable engine that combines automated large-scale annotation of metabolites using tandem MS data with a compiled database containing tens of millions of compounds with pre-calculated ‘fingerprints’ and fragmentation patterns. Our tests using publicly and commercially available tandem MS spectra for reference compounds show retrievals rates comparable to or exceeding the ones obtainable by the current state-of-the-art solutions in the field while offering higher throughput, scalability and processing speed. Source code freely available for download at https://bitbucket.org/iAnalytica/chemdistillerpython. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
Allen F;Pon A;Wilson M;Greiner R;Wishart D
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Wishart D
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作者：
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Neumann S
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14.9
作者：
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作者：
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Alexandrov, Theodore
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作者：
Wishart DS;Jewison T;Guo AC;Wilson M;Knox C;Liu Y;Djoumbou Y;Mandal R;Aziat F;Dong E;Bouatra S;Sinelnikov I;Arndt D;Xia J;Liu P;Yallou F;Bjorndahl T;Perez-Pineiro R;Eisner R;Allen F;Neveu V;Greiner R;Scalbert A
通讯作者：
Scalbert A