Epiviz File Server: Query, transform and interactively explore data from indexed genomic files.
Epiviz File Server: Query, transform and interactively explore data from indexed genomic files.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa591
复制
发表时间：
2020-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Corrada Bravo H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kancherla J;Yang Y;Chae H;Corrada Bravo H
基因组数据库，如癌症基因组图谱、DNA元素百科全书、Bioconductor的AnnotationHub和ExperimentHub等，以平面文件的形式提供了大量基因组数据的公共访问。研究人员经常从这些存储库中下载数据文件的子集来执行探索性数据分析。我们开发了Epiviz File Server，这是一个Python库，实现了本地或远程托管索引基因组文件的原位数据查询系统，不仅用于可视化，还用于数据转换。File Server库将数据检索和转换从特定的可视化和分析工具中分离出来，并提供一个抽象接口来定义与文件的位置、格式或结构无关的计算。我们在两个用例中演示了文件服务器：(i)与Galaxy工作流集成；（ii）使用Epiviz从表观基因组路线图数据集创建自定义基因组浏览器。Epiviz文件服务器是开源的，可以在GitHub上获得http://github.com/epiviz/epivizFileServer。文件服务器库的文档可从http://epivizfileserver.rtfd.io获得。
Genomic data repositories like The Cancer Genome Atlas, Encyclopedia of DNA Elements, Bioconductor’s AnnotationHub and ExperimentHub etc., provide public access to large amounts of genomic data as flat files. Researchers often download a subset of data files from these repositories to perform exploratory data analysis. We developed Epiviz File Server, a Python library that implements an in situ data query system for local or remotely hosted indexed genomic files, not only for visualization but also data transformation. The File Server library decouples data retrieval and transformation from specific visualization and analysis tools and provides an abstract interface to define computations independent of the location, format or structure of the file. We demonstrate the File Server in two use cases: (i) integration with Galaxy workflows and (ii) using Epiviz to create a custom genome browser from the Epigenome Roadmap dataset. Epiviz File Server is open source and is available on GitHub at http://github.com/epiviz/epivizFileServer. The documentation for the File Server library is available at http://epivizfileserver.rtfd.io.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
影响因子：
5.8
作者：
Stovner, Endre Bakken;Saetrom, Pal
通讯作者：
Saetrom, Pal
影响因子：
30.8
作者：
Weinstein, John N.;Collisson, Eric A.;Mills, Gordon B.;Shaw, Kenna R. Mills;Ozenberger, Brad A.;Ellrott, Kyle;Shmulevich, Ilya;Sander, Chris;Stuart, Joshua M.
通讯作者：
Stuart, Joshua M.
影响因子：
2.1
作者：
van der Walt, Stefan;Colbert, S. Chris;Varoquaux, Gael
通讯作者：
Varoquaux, Gael