Thermodynamic Integration Networks and Their Application to Charge Transfer Reactions within the AauDyPI Fungal Peroxidase.
Thermodynamic Integration Networks and Their Application to Charge Transfer Reactions within the AauDyPI Fungal Peroxidase.
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热力学积分网络及其在 AauDyPI 真菌过氧化物酶内电荷转移反应中的应用。
DOI：
10.1021/acs.jpcb.6b03327
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Thorsten Koslowski
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
A. Bauss;Michael Langenmaier;Eric Strittmatter;D. Plattner;Thorsten Koslowski
我们提出了一个计算机模拟研究内的真菌过氧化物酶AauDyPI从黑木耳，judae的电荷转移反应的热力学和动力学。驱动力和重组能量从分子动力学模拟的基础上从热力学积分方案。为了提高数值精度，自由能分析内的最小二乘方案的一个紧密结合的热力学网络。我们确定Tyr147，Tyr229和Trp105作为氧化剂，并发现Trp377是一个长寿命的反应中间体。结果进行了比较，最近的实验结果。
We present a computer simulation study of the thermodynamics and kinetics of charge transfer reactions within the fungal peroxidase AauDyPI from Auricularia auriculae-judae. Driving forces and reorganization energies are obtained from a thermodynamic integration scheme based upon molecular dynamics simulations. To enhance the numerical accuracy, the free energies are analyzed within a least-squares scheme of a closely knit thermodynamic network. We identify Tyr147, Tyr229, and Trp105 as oxidative agents, and find Trp377 to be a long-lived reaction intermediate. The results are compared to recent experimental findings.
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DOI：
10.1016/s0021-9258(19)70630-9
发表时间：
1980-09
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
T. Poulos;J. Kraut
通讯作者：
T. Poulos;J. Kraut
保守酪氨酸残基上的自由基形成对于 DyP 活性至关重要
影响因子：
3.9
作者：
Eric Strittmatter;Sabrina Wachter;Christiane Liehrs;René Ullrich;Martin Hofrichter;Dietmar A. Plattner;Klaus Piontek
通讯作者：
Klaus Piontek
黑木耳染料脱色过氧化物酶的工具箱 - 三个新的潜在底物相互作用位点的鉴定
影响因子：
3.9
作者：
Strittmatter;Serrer;Ullrich;Hofrichter;Piontek;Schleicher;Plattner
通讯作者：
Plattner
生物电荷转移的最新进展：理论与模拟
DOI：
10.1016/j.bbabio.2012.02.025
发表时间：
2012
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
T. Koslowski;F. Burggraf;S. Krapf;T. Steinbrecher;C. Wittekindt
通讯作者：
C. Wittekindt
影响因子：
5.6
作者：
Goblirsch B;Kurker RC;Streit BR;Wilmot CM;DuBois JL
通讯作者：
DuBois JL