3D chromatin interactions organize Yan chromatin occupancy and repression at the even-skipped locus.
3D chromatin interactions organize Yan chromatin occupancy and repression at the even-skipped locus.
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DOI：
10.1101/gad.225789.113
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发表时间：
2013-11-01
影响因子：
10.5
通讯作者：
Rebay I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Webber JL;Zhang J;Mitchell-Dick A;Rebay I
转录输入的长距离整合对基因表达至关重要，但其机制知之甚少。在这里，Webber等人研究了偶数跳过（eve）位点的顺式调节元件如何协调心脏特异性基因表达。抑制子Yan结合区域的靶向缺失定义了两个新的增强子，其贡献抑制性输入以稳定来自第三增强子的组织特异性输出。该研究为在染色质水平整合抑制性输入和特定的模式信息以实现稳健的基因表达提供了一个新的范例。转录输入的长距离整合对于基因表达至关重要，但其机制仍然知之甚少。我们研究了赋予心脏身份基因偶跳（eve）表达保真度的分子决定因素。有针对性地删除抑制子Yan所结合的区域，定义了两个新的增强子，其贡献抑制性输入以稳定来自第三增强子的组织特异性输出。任何单个增强子的缺失都会减少Yan在其他元件上的占据，从而影响Eve表达、细胞命运特化和心脏功能。这些远程相互作用可能是稳定的三维染色质接触，我们检测到的元素之间。我们的工作提供了一个新的范例，染色质水平的一般抑制性输入与特定的模式信息整合，以实现强大的基因表达。
Long-range integration of transcriptional inputs is critical for gene expression, yet the mechanisms are poorly understood. Here, Webber et al. investigate how cis-regulatory elements at the even-skipped (eve) locus coordinate heart-specific gene expression. Targeted deletions of regions bound by the repressor Yan define two novel enhancers that contribute repressive inputs to stabilize tissue-specific output from a third enhancer. This study provides a new paradigm for chromatin-level integration of repressive inputs with specific patterning information to achieve robust gene expression. Long-range integration of transcriptional inputs is critical for gene expression, yet the mechanisms remain poorly understood. We investigated the molecular determinants that confer fidelity to expression of the heart identity gene even-skipped (eve). Targeted deletion of regions bound by the repressor Yan defined two novel enhancers that contribute repressive inputs to stabilize tissue-specific output from a third enhancer. Deletion of any individual enhancer reduced Yan occupancy at the other elements, impacting eve expression, cell fate specification, and cardiac function. These long-range interactions may be stabilized by three-dimensional chromatin contacts that we detected between the elements. Our work provides a new paradigm for chromatin-level integration of general repressive inputs with specific patterning information to achieve robust gene expression.
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影响因子：
30.8
作者：
He, Qiye;Bardet, Anais F.;Zeitlinger, Julia
通讯作者：
Zeitlinger, Julia
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1109873108
发表时间：
2011-08-16
影响因子：
11.1
作者：
Perry, Michael W.;Boettiger, Alistair N.;Levine, Michael
通讯作者：
Levine, Michael
影响因子：
9.2
作者：
Perry, Michael W.;Boettiger, Alistair N.;Bothma, Jacques P.;Levine, Michael
通讯作者：
Levine, Michael
影响因子：
64.5
作者：
ONEILL, EM;REBAY, I;RUBIN, GM
通讯作者：
RUBIN, GM