Optimization and analysis of a quantitative real-time PCR-based technique to determine microRNA expression in formalin-fixed paraffin-embedded samples.
Optimization and analysis of a quantitative real-time PCR-based technique to determine microRNA expression in formalin-fixed paraffin-embedded samples.
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DOI：
10.1186/1472-6750-10-47
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发表时间：
2010-06-23
影响因子：
3.5
通讯作者：
Kamel-Reid S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goswami RS;Waldron L;Machado J;Cervigne NK;Xu W;Reis PP;Bailey DJ;Jurisica I;Crump MR;Kamel-Reid S
MicroRNA (miR) 是参与转录后调控的非编码RNA分子，在组织发育、分化、细胞增殖和凋亡中具有多种功能。在福尔马林固定过程中，miR 可能不易降解，从而有利于福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织中的 miR 表达研究。我们的研究表明，TaqMan Human MicroRNA Array v1.0（早期访问）平台适用于 FFPE 组织中的 miR 表达分析，具有高重现性（重复项之间的相关系数为 0.95，p < 0.00001），并概述了该平台使用临床 FFPE 样本的最佳性能条件。我们还概述了一种数据分析方法，研究 FFPE 和新鲜冷冻样本之间 miR 丰度的差异。通过将分析的 miR 分为高丰度层 (Ct<30)、中丰度层 (30≤Ct≤35) 和低丰度层 (Ct>35)，我们表明技术重复、等效稀释度和 FFPE 与冷冻样品之间的重现性在高丰度层中最佳。我们还证明，在检查所有 miR 时，无论使用何种 RNA 提取方法，FFPE 样品的 miR 表达谱与新鲜冷冻样品的 miR 表达谱相当，相关性高达 0.87 (p < 0.001)。检查 FFPE 和新鲜冷冻样品之间 miR 丰度的相关系数显示，相关系数高达 0.32（低丰度）、0.70（中丰度）和高达 0.97（高丰度）。因此，我们的研究证明了在基于高通量定量 PCR 的 miR 平台上使用 FFPE 样本进行 miR 表达研究所需的实用性、可重复性和优化步骤，为回顾性研究开辟了研究可能性的领域。
MicroRNAs (miRs) are non-coding RNA molecules involved in post-transcriptional regulation, with diverse functions in tissue development, differentiation, cell proliferation and apoptosis. miRs may be less prone to degradation during formalin fixation, facilitating miR expression studies in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue. Our study demonstrates that the TaqMan Human MicroRNA Array v1.0 (Early Access) platform is suitable for miR expression analysis in FFPE tissue with a high reproducibility (correlation coefficients of 0.95 between duplicates, p < 0.00001) and outlines the optimal performance conditions of this platform using clinical FFPE samples. We also outline a method of data analysis looking at differences in miR abundance between FFPE and fresh-frozen samples. By dividing the profiled miR into abundance strata of high (Ct<30), medium (30≤Ct≤35), and low (Ct>35), we show that reproducibility between technical replicates, equivalent dilutions, and FFPE vs. frozen samples is best in the high abundance stratum. We also demonstrate that the miR expression profiles of FFPE samples are comparable to those of fresh-frozen samples, with a correlation of up to 0.87 (p < 0.001), when examining all miRs, regardless of RNA extraction method used. Examining correlation coefficients between FFPE and fresh-frozen samples in terms of miR abundance reveals correlation coefficients of up to 0.32 (low abundance), 0.70 (medium abundance) and up to 0.97 (high abundance). Our study thus demonstrates the utility, reproducibility, and optimization steps needed in miR expression studies using FFPE samples on a high-throughput quantitative PCR-based miR platform, opening up a realm of research possibilities for retrospective studies.
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