Statistical Challenges in Tracking the Evolution of SARS-CoV-2.
Statistical Challenges in Tracking the Evolution of SARS-CoV-2.
复制标题
跟踪SARS-COV-2的演变方面的统计挑战。
DOI：
10.1214/22-sts853
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发表时间：
2022-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
对SARS-CoV-2的基因组监测有助于追踪大流行期间病毒的传播和演变。从受感染个体中分离出的SARS-CoV-2分子序列的可用性，加上生物动力学方法，为了解病毒的起源、进化速度、引入时间、传播模式以及在人群中传播的新变体的出现提供了见解。尽管各国政府、实验室和研究人员在收集和测序分子数据方面做出了巨大的全球努力，但在分析和解释所收集的数据方面仍然存在许多挑战。在这里，我们描述了目前用于监测SARS-CoV-2传播的模型和方法，讨论了长期存在的和新的统计挑战，并提出了一种用于跟踪流行期间新变体增加的方法。
Genomic surveillance of SARS-CoV-2 has been instrumental in tracking the spread and evolution of the virus during the pandemic. The availability of SARS-CoV-2 molecular sequences isolated from infected individuals, coupled with phylodynamic methods, have provided insights into the origin of the virus, its evolutionary rate, the timing of introductions, the patterns of transmission, and the rise of novel variants that have spread through populations. Despite enormous global efforts of governments, laboratories, and researchers to collect and sequence molecular data, many challenges remain in analyzing and interpreting the data collected. Here, we describe the models and methods currently used to monitor the spread of SARS-CoV-2, discuss long-standing and new statistical challenges, and propose a method for tracking the rise of novel variants during the epidemic.
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影响因子：
6.5
作者：
Bouchard-Côté A;Sankararaman S;Jordan MI
通讯作者：
Jordan MI
影响因子：
5.7
作者：
Al Khatib HA;Benslimane FM;Elbashir IE;Coyle PV;Al Maslamani MA;Al-Khal A;Al Thani AA;Yassine HM
通讯作者：
Yassine HM
影响因子：
1.8
作者：
Cybis, Gabriela B.;Sinsheimer, Janet S.;Suchard, Marc A.
通讯作者：
Suchard, Marc A.
影响因子：
1.1
作者：
Billera, LJ;Holmes, SP;Vogtmann, K
通讯作者：
Vogtmann, K
DOI：
10.1073/pnas.2013102117
发表时间：
2020-10-20
影响因子：
11.1
作者：
Bosco-Lauth, Angela M.;Hartwig, Airn E.;Bowen, Richard A.
通讯作者：
Bowen, Richard A.