Reevaluating the green contribution to diatom genomes.
Reevaluating the green contribution to diatom genomes.
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DOI：
10.1093/gbe/evs053
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发表时间：
2012
影响因子：
3.3
通讯作者：
Moreira D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deschamps P;Moreira D
光合作用硅藻质体长期以来一直被认为是起源于一个红色的藻类的次生内共生。然而，最近的硅藻基因组研究报告了大量的硅藻核基因与绿色藻类和绿色植物基因在遗传上相关。这些被解释为内共生基因转移（EGT）从一个神秘的绿色藻类内共生。我们使用更大的红藻基因组数据集重新分析了这个问题。我们表明，以前的研究遭受分类抽样偏差，并指出，大多数的基因突变要么解决不好，或不描述EGT事件。最后，我们表明，基因具有完整的血统，从蓝藻硅藻通过初级和次级EGTs已大部分转移通过一个红色的基因。我们的结论是，即使一些硅藻基因仍然支持一个假定的绿色藻类的起源，这些都不足以证明一个神秘的绿色藻类次生内共生。
Photosynthetic diatom plastids have long been suggested to have originated by the secondary endosymbiosis of a red alga. However, recent phylogenomic studies report a high number of diatom nuclear genes phylogenetically related to green algal and green plant genes. These were interpreted as endosymbiotic gene transfers (EGT) from a cryptic green algal endosymbiosis. We reanalyzed this issue using a larger set of red algal genomic data. We show that previous studies suffer from a taxonomic sampling bias and point out that a majority of gene phylogenies are either poorly resolved or do not describe EGT events. We finally show that genes having a complete descent from cyanobacteria to diatoms through primary and secondary EGTs have been mostly transferred via a red alga. We conclude that, even if some diatom genes still support a putative green algal origin, these are not sufficient to argue for a cryptic green algal secondary endosymbiosis.
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Stiller, John W.