Re-evaluating the green versus red signal in eukaryotes with secondary plastid of red algal origin.
Re-evaluating the green versus red signal in eukaryotes with secondary plastid of red algal origin.
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DOI：
10.1093/gbe/evs049
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发表时间：
2012
影响因子：
3.3
通讯作者：
Keeling PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burki F;Flegontov P;Oborník M;Cihlár J;Pain A;Lukes J;Keeling PJ
在真核细胞中，从内共生体到细胞器的转变涉及到大量基因转移到宿主基因组中，这一过程称为内共生基因转移（EGT）。在质体细胞器的情况下，EGTs已被证明在核基因组中留下足迹，这可以指示当今缺乏质体的生物体中的古代光合作用活性，甚至暗示隐藏质体的存在。在这里，我们评估了EGT对真核生物基因组的影响，通过重新分析最近发表的EST数据集，为Chromera velia，一个有趣的测试案例的光合作用密切相关的apicomplexan寄生虫。此前，有513个基因被报道以1：1的比例来源于红藻和绿色藻类。与此相反，通过人工检查新生成的树表明推定的藻类祖先，我们只恢复了51个基因与EGT一致，其中23和9个分别是红色和绿色藻类的起源，而19个是模棱两可的藻类的起源。我们的方法还发现了109个在单子叶被子植物分支中分支的基因，最有可能代表污染。我们强调缺乏一致性和主观性，导致独立的基因组筛选EGT，这似乎需要极其谨慎的结论时，主要的进化事件。
The transition from endosymbiont to organelle in eukaryotic cells involves the transfer of significant numbers of genes to the host genomes, a process known as endosymbiotic gene transfer (EGT). In the case of plastid organelles, EGTs have been shown to leave a footprint in the nuclear genome that can be indicative of ancient photosynthetic activity in present-day plastid-lacking organisms, or even hint at the existence of cryptic plastids. Here, we evaluated the impact of EGT on eukaryote genomes by reanalyzing the recently published EST dataset for Chromera velia, an interesting test case of a photosynthetic alga closely related to apicomplexan parasites. Previously, 513 genes were reported to originate from red and green algae in a 1:1 ratio. In contrast, by manually inspecting newly generated trees indicating putative algal ancestry, we recovered only 51 genes congruent with EGT, of which 23 and 9 were of red and green algal origin, respectively, whereas 19 were ambiguous regarding the algal provenance. Our approach also uncovered 109 genes that branched within a monocot angiosperm clade, most likely representing a contamination. We emphasize the lack of congruence and the subjectivity resulting from independent phylogenomic screens for EGT, which appear to call for extreme caution when drawing conclusions for major evolutionary events.
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影响因子：
12.3
作者：
Huang J;Mullapudi N;Lancto CA;Scott M;Abrahamsen MS;Kissinger JC
通讯作者：
Kissinger JC
DOI：
10.1073/pnas.182432999
发表时间：
2002-09-17
影响因子：
11.1
作者：
Martin, W;Rujan, T;Penny, D
通讯作者：
Penny, D
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T
影响因子：
12.3
作者：
Huang J;Gogarten JP
通讯作者：
Gogarten JP
影响因子：
64.8
作者：
Martin, W;Stoebe, B;Kowallik, KV
通讯作者：
Kowallik, KV